植株的细根首先褐变，不久开始腐烂并消失。切开接近地面部位的病茎，可以发现维管束微有褐变，并从该部位分泌出白色混浊污汁。
经常下雨辣椒青枯病最容易发生。
青枯病可经过灌水、施肥等田间操作传染。老大棚和连年重茬栽培的，因土壤中病菌含量不断增加，发病加重。大棚内通气不良，高温高湿有利于病害发生。特别是灌水和培土后，土壤板结，根部通气不良时，会加速病害发生。
青枯病菌，可以同病株残体一同进入土壤。长期生存形成侵染源。土壤水分对其在土壤中的生存影响极大。在湿度大的冲积土中，可以生存长达2～3年，而在干燥的土壤中，只能生存几天。青枯病菌，在土壤中并非以休眠状态生存，而是在上述发病植株或某种杂草的根际进行繁殖。生存在土壤中的青枯病菌，主要是由作业过程中造成的伤口或者是由根瘤线虫、蓝光丽金龟幼虫等根部害虫造成的伤口侵染植株，在茎的导管部位和根部发病。有时也会由无伤口细根侵入植株内发病。青枯病菌在10—41℃下生存，在35—37℃生育最为旺盛。一般从气温达到20℃时开始发病，地温超过20℃时十分严重。
重茬地、酸性强的地带病的种苗等是青枯病发病条件。
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