有机蔬菜宜选择远离城市及工矿区，无大气、水源、土壤污染，土壤肥沃、质地砂粘适中，排灌方便，交通便利，有机肥料来源充足的地方种植。
一、清园。 一茬蔬菜收获后，很多病菌附在蔬菜残枝上散落田间，它进入土壤中，成为下茬蔬菜的浸染源。因此，菜农应在蔬菜生长后期加强病害防治，直接减少药源基数，并且在每茬蔬菜收获后，彻底清除田间残枝败叶，对易感根系病害的蔬菜还要清除残根。
二、深耕。 深耕的目的是破坏病菌的生存环境。一般要求每收获后深耕40厘米，借助自然条件，如低温、太阳紫外线等，杀死一部分土传病菌。
三、消毒。 在夏季蔬菜换茬间隙，深耕后灌足水，盖上塑料(10175，5.00，0.05%)薄膜进行高温消毒，可使土层10厘米处最高温度达70℃，能够杀死大量病菌，这是一种简单，有效的控防办法。
四、种葱。 大葱的根圈能产生抗菌微生物，对病菌能起到抑制作用，从而防止多种蔬菜病害。通过将大葱同蔬菜等作物间作、轮作或混作，能有效的阻止病源菌的繁殖，土壤中已有病源菌的密度下降，从而达到消毒土壤的目的。
五、轮作。 合理轮作不但能提高作物本身的抗逆能力，而且能使浅藏在地里的病源物经过一定的期限后大量减少或丧失侵染能力。蔬菜轮作有两类：一种是蔬菜与蔬菜之间的轮作，要求根据病源物在土壤中的存活时间，确定同类蔬菜种植的间隔时间；二是蔬菜与粮食作物之间的轮作，如蔬菜与水稻之间的水、旱轮作，效果会更好些。
六、换土。 对一些较为固定、品种选择余地小而且投资大、效益高的蔬菜设施栽培，如日光温室，可以采用老土按新土的办法控制土传病害。换去根层表土，用无毒表土补充。
七、嫁接。 针对某些为害严重的土传病，采取高抗或免疫的砧木嫁接，可以控制土传病的危害。如西瓜嫁接在葫芦上、黄瓜嫁接在黑籽南瓜上，可以彻底解决枯萎等病的危害。
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