苹果黑星病主要危害叶片和果实。叶片上病斑近圆形或呈放射状，初期叶上生绿褐色霉层，稍后霉层渐变为褐色至黑色。严重时病斑布满全叶，叶片枯焦，易早期脱落。果实发病，幼果和成熟果都可受侵害，病斑初为淡黄绿色，圆形，后期褐色或黑色，表面有绒状霉层，病斑凹陷，硬化龟裂。
叶片：病斑近圆形或呈放射状，病斑周围有明显的边缘，老叶上更为明显；初期叶上生绿褐色霉层，稍后霉层渐变为褐色至黑色。严重时病斑布满全叶，叶片会变小、变厚，叶片枯焦，呈卷曲或扭曲状，易早期脱落。叶柄：病斑呈长条形而促使早期落叶。果实：从幼果至成熟果均可受侵害。病斑初为淡黄绿色、圆形或椭圆形，渐变褐色或黑色，表面生绒状霉层。随着果实生长膨大，病斑渐凹陷，硬化、龟裂；病果较小。果实染病较早时，发育受阻而成畸形。果实在深秋受害时，病斑小而密集，黑色或咖啡色，角质层不破裂。花序:病菌可侵害花瓣、萼片的尖端使其褪色；花梗被害后呈黑色,造成落花落果。
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