在美国，对疫苗安全性的质疑主要是针对疫苗防腐剂——水杨乙汞（麻风腮疫苗中不使用）中的二乙汞上。[8]
早在抗生素被发现之前，人们就发现许多汞化合物能起到抗菌的作用，但它们对人体的刺激危害大。到20世纪早期，新型的有机汞化合物被合成出来，抗菌效果更好，毒性也更低，一度得到广泛使用。
同时，疫苗被细菌污染会导致小孩在接种疫苗以后出现很严重的反应，甚至死亡。基于多项研究都认为，在疫苗里使用水杨乙汞是安全的，水杨乙汞开始用作疫苗防腐剂。从1930年代到1976年，美国食品药品管理局（FDA）都没有收到任何关于疫苗或生物制品里的水杨乙汞带来危害的报告。
水杨乙汞会危害婴儿神经发育的质疑，源于甲基汞的问题。甲基汞作为一种环境污染物更为人所知。工业废水中的无机汞会被细菌转化为甲基汞。甲基汞会在食物链中传递，储存在鱼类的体内，造成一系列的生态的破坏。而对人的危害表现为行动失调、麻痹等多种神经功能缺损。著名“水俣事件”即由此造成。
甲基汞与乙基汞在化学结构上很类似，所以很多人都想当然的把甲基汞的危害移植到乙基汞身上。但事实上，这两者的生物学差别很大。举个例子，大家都知道乙醇和甲醇。这两种物质结构相似，只差一个甲基而已。但是一个是很多人天天都要喝的，另一个则会导致失明甚至死亡。如果这时把甲醇的危害摆出来，告诉你乙醇也会是这样的，显然没人会当真。
由于对汞毒性的恐慌，FDA对婴儿通过疫苗水杨乙汞来源的汞摄入进行了计算。但因为缺乏乙基汞的安全数据，他们只能与美国国家环境保护局（EPA）提供的甲基汞的标准进行比较。“超出标准”的结论自然会引起恐慌。由孤独症儿童父母组成的一个组织Safe Minds在这时推出了“水杨乙汞导致孤独症”的说法。
关于疫苗用水杨乙汞的安全性，众多的研究数据都显示，没有证据证明疫苗里的水杨乙汞会带来危害。能产生毒性的高剂量至少是目前疫苗用量的100倍至1000倍。诸多机构都发表申明澄清水杨乙汞会导致孤独症这类神经性病变的说法。而FDA做出逐步取消水杨乙汞在疫苗上的使用决定，也只是出于谨慎的考虑，尽可能地减少婴幼儿的汞暴露量。
随着水杨乙汞逐渐被替代，后续调查也进一步说明了问题。伦敦的一项调查显示，自1988年在疫苗中开始使用水杨乙汞以来，孤独症患者数目并没有出现大幅度增长。美国在1991年到2001年间在婴儿常规接种的疫苗中使用了水杨乙汞。但1991年之前，美国的孤独症患者数量已经呈上升趋势，2001年以后也未见下降。加拿大和丹麦均在1995年停用水杨乙汞，其孤独症发病率也并未因此下降。
，美国医学研究院免疫安全评估委员会再次评估了疫苗（特别是MMR和疫苗里的水杨乙汞）与孤独症的关系。依据来自美国、丹麦、瑞士和英国的最新流行病学研究证据，明确否定了水杨乙汞导致孤独症的关系。[9,10]
结论：谣言破解。 目前的研究都表明接种麻风腮联合疫苗不会导致孤独症。许多研究报告都证实了疫苗里使用的水杨乙汞的安全性，并且在取消使用以后，并没有看到孤独症发病率的下降。
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