两者的化学成分也不同，碧玺是一种复杂的硅酸盐，水晶是一种无色透明的大型石英结晶体矿物。水晶的主要化学成份是二氧化硅，当二氧化硅结晶完美时就是水晶；二氧化硅胶化脱水后就是玛瑙；二氧化硅含水的胶体凝固后就成为蛋白石；二氧化硅晶粒小于几微米时，就组成玉髓、燧石、次生石英岩。
由于碧玺的化学成分复杂，目前还没有合成碧玺的出现。而合成的水晶饰品则遍布很多市场。1768年，瑞典著名科学家林内斯发现了碧玺受热具有压电性和热电性，因而矿物学名称为“电气石”。水晶则没有这种效应。碧玺的颜色也比水晶丰富许多，细分多达15种复色之多。碧玺的硬度也高于水晶，另外碧玺的磁场是同色系水晶的几十倍至上百倍。
“碧玺的颜色过渡自然，而水晶显得不自然，跳跃比较大。没有经验的消费者一般是很难分辨的。”
“目前还没有一种简单的方法能够快速分辨碧玺和水晶，两者的价值是相差甚远的，碧玺的价值要远高于水晶。
据了解，碧玺和水晶两者的检测证书也存在较大差别。碧玺的检测证书会显示是“碧玺”；水晶的检测证书则显示是“水晶”。对于普通消费者来说，最保险的方法莫过于去做专业的鉴定。
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