(1)与猪水疱病的鉴别
二者均有精神沉郁，体温升高，食欲不振，口腔和蹄部出现水疱等临床症状。
但二者的区别在于：猪水疱病的病原为水疱病毒，大型猪场或仓库易发生，农村较少发生。病猪水疱首先从蹄与皮肤交接处发生，而后口腔有小水疱，舌面水疱则罕见。病料接种7～9日龄乳鼠无反应，水疱病血清对本病有保护作用。
(2)与猪水疱性口炎的鉴别
二者均有精神沉郁，体温升高，食欲不振，口腔出现水疱等临床症状。
但二者的区别在于：猪水疱性口炎的病原为水疱性口炎病毒，多发于夏季，多为散发，蹄部很少或无水疱。病料接种乳兔不感染，猪口蹄疫血清对本病无保护作用。
(3)与猪水疱性疹的鉴别
二者均有精神沉郁，体温升高，食欲不振，口腔和蹄部出现水疱等临床症状。
但二者的区别在于：猪水疱性疹的病原为水疱性疹病毒，多呈地方性流行或散发，发病率在10%～100%，动物接种2日龄乳鼠、1～9日龄乳鼠及乳兔均无反应。用口蹄疫和水疱病血清均不能保护。
(4)与猪痘的鉴别
二者均有精神沉郁，体温升高，食欲不振，口腔、鼻镜面部出现水疱等临床症状。
但二者的区别在于：猪痘的病原为猪痘病毒，由虱、蚊、蝇叮咬传播，多发生春秋季潮湿时，呈地方性流行。病猪痘疹主要发生在躯干、下腹部和股内侧，先发生丘疹而后转为水疱，表面平整，中央稍凹呈脐状，不久结成痂皮，毛少、无毛处多见，蹄部水疱少见。
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