在一片美丽的大海，妞妞和其他的美人鱼一样，生长在被爸爸营造的环境中，爸爸是一个又瘦又高的人，在他们的眼里，爸爸是个严厉的角色，限制他们的自由，不让他们触碰很多实验室的东西。
在这样的环境下，自由是一个非常奢侈的东西，对于向往外面世界的妞妞来说，爸爸的实验室是一个神奇的地方，可以通往外面的世界。好奇心促使妞妞很多次的尝试逃跑，但都失败了，爸爸给予了妞妞一些教训，把她关了起来，爸爸以为她会打消逃跑的念头，妞妞并没有因为失败而放弃。
终于在最后通过其他小伙伴的帮助，一次不经意妞妞进入了爸爸的实验室，打开了通往大海的门，一股热浪席卷而来，妞妞随着洋流冲进了大海，还是温暖并带有和蔼的抚摸着妞妞，洋流的冲击过大，使妞妞又被困在了一个瓶子中，随着大海漂流。
与此同时，男主主人公宗介是一个五岁大的孩子，和妈妈一起生活，爸爸经常出海，每天的日常就是妈妈送他去上学，然后妈妈会在学校附近的养老院工作。
每当宗介放学，都会去妈妈工作的地方帮忙，里面的爷爷奶奶也都习惯和宠爱着这个五岁的孩子，有一天宗介在海边，遇见了困在瓶子里的妞妞，初次见面的他们，彼此都产生了好感，宗介把她救了出来，并带到了学校放在了一个水桶里。
放学带回了家的路上，被妞妞的爸爸带回了大海，但是妞妞执意要回到宗介的身边，于是妞妞把爸爸的生命之水倒入大海，引起了巨大的动荡，妞妞的小伙伴们变成了一条条大的鱼，吞噬着小镇，险些吞噬掉宗介的房子。
妞妞变成了孩子一般大小，在后面紧追着宗介，看到宗介，飞奔的跑到了宗介的怀里，妞妞和宗介一起回到了宗介的家里，一起吃面，一起玩耍，在相处的过程中，宗介发现了妞妞的超能力，一起做了很多意义的事情。
爸爸一直在寻找妞妞，并且想方设法的让妞妞回到大海，就在妞妞斗智斗勇的过程中，爱情战胜了一切，妞妞的妈妈，海的女神出现了，阻止了爸爸的行为。
妞妞的妈妈知道爸爸的良苦用心，他是怕妞妞受到伤害，但他告诉爸爸不应该阻止女儿追求幸福，最后宗介答应了妞妞妈妈的要求，承诺他会一辈子照顾妞妞。这就是超级经典的动画电影《悬崖上的金鱼姬》。
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