葡萄牙在巴西实行的政治制度，较之西班牙有其自身的鲜明特点：其一，先后更换了三种制度，以适应新形势的需求；其二，殖民控制松弛，地区自主性强；其三，土著传统机制丧亡。
16世纪初，葡萄牙的经济利益主要在印度和非洲，对于巴西不甚重视。1506年，葡萄牙国王开始将15世纪在非洲采行的“贸易代理站制”移植到巴西，在沿海选定几个适当地点（如伯南布哥、巴伊亚、塞古鲁、圣维森特等）设立贸易代理站，租给商人或商人集团从事贸易活动，主要是采伐红木（可从中提取颜料），运往欧洲销售。
在葡萄牙从事贸易活动的同时，法国商船也在巴西沿岸积极从事红木贸易。葡萄牙国王为了维护自身经济利益，决定采取有效措施，切实控制美洲领地。1534年，他将中世纪欧洲的封建制移植到巴西，从亚马逊河口到圣维森特划分成15块封地，分封给12个领主。每块领地均由大西洋岸向西延伸至1494年确定的界线。土地所有权属国王；封地由领主世袭。领主自筹资金，负责招募移民到封地从事垦殖活动。他们在自己的封地上拥有一切政治、经济、司法、军事特权。
然而，由于受封者的财力不济，只有7块（或8块）封地上进行了垦殖活动。就是这7块（或8块）封地上的垦殖活动也大多未能达到国王的要求，未能控制住法国人侵犯的势头。葡萄牙国王于是决定推行中央集权制，强化对巴西的政治控制。1549年，他委派一督抚到巴西代表自己统管一切军政、司法事务。督抚府设在巴伊亚。督抚的主要任务是组织殖民、垦殖活动，建立市镇；保卫海防，制止法国、荷兰在巴西的贸易和殖民活动。在已垦殖的封地上，领主代表督抚行使职权；尚未垦殖的封地和垦殖不善的封地收归国王所有，成立都督区。先后设置了8个都督区：帕拉、马拉尼翁、伯南布哥、巴伊亚、圣保罗、米纳斯吉拉斯、马托格罗索和圣卡塔里纳。都督由国王指派，代表督抚行使职权。
16，巴西又分为两大州：巴西州和马拉尼翁州。前者仍由督抚管辖；后者直属国王管理。1640年，葡萄牙国王改派总督，代替督抚。一年后又改派督抚。1663年正式派遣总督。1763年正式建立总督区，彻底废除封建制，褫夺领主的一切特权；马拉尼翁州同巴西州合并，由总督统一管辖；为了便于对整个领地的控制，总督区首府迁至里约热内卢。
葡萄牙同西班牙一样，也将城市建制移植到了巴西，也在巴西设置了传教区。所不同的是巴西的市镇拥有更大、更多的自治权，近乎于独立行事；而传教区的设置范围更广，作用和影响更大。各市镇的市政会和传教区实际上成了巴西的基层政治、行政单位。市政会行使着广泛的权利，享有立法、司法、行政大权，负责征收赋税、市镇建设和管理，负责招募、组建民团，规划地区经济发展。市政会的成员大多是当地的大种植园主、大牧场主、大商人。各市镇均派有代表常驻里斯本，从事维护本地区利益的活动。天主教的耶稣会、圣方济各会等教派，特别是耶稣会，建立传教区，建设土著村落，发展农业文明。教会控制着传教区的一切政治、经济活动和支配着土著劳动力。
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