1.Sqlserver和MySQL都是关系型数据库，在整体功能上差异不算太大，都支持表、视图、函数、存储过程。
2.就部署平台来收，sqlserver是微软出品，很显然他必须部署在windows系统上，而mysql既可以部署在windows系统上，也可以部署在linux系统上，就这点来说mysql优势更明显。
3.就使用成本来说，mysql目前开发使用费用很小，而sqlserver作为微软的产品，应用与商业的话必须购买，而且价格也不菲。因此这点上mysql仍然占据优势。
4.mysql短小精悍，学习上容易上手，操作相对简单，sqlserver作为一个大型的数据库系统，上手稍微复杂些，但有功能超强的图形界面工具进行操作。目前mysql多应用与一些网站系统，即web页面要求响应速度较快的系统中。sqlserver多应用于一些行业领域信息化系统中。
5.mysql的性能是相当出色的，但稳定性不如sqlserver好，而且sqlserver有很强大的备份恢复机制，对数据的完整性，容错性有较大的优势。sqlserver可以很方便的整库分离和附加，还有可以定制维护计划以及详细的日志信息。
因此，这两种数据库系统应该说各有优劣，可根据具体开发应用场景进行选择。
移动端开发(iOS,安卓)的话建议服务端用mysql了，部署在Linux环境,稳定性更强。
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