欢迎点击上方蓝色”宏基因组”关注我们!
宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
本公众号每日推送,工作日分享宏基因组领域科研思路、实验和分析技术,理论过硬实战强;周末科普和生活专栏,轻松读文看片涨姿势。目前己分享过百篇原创文章,有17000+小伙伴在这里一起交流学习,感兴趣的赶快关注吧。
征稿、转载、合作
欢迎同行投稿分享对本领域科研有帮助的经验、技术和科研思路,多帮助别人,自己也更容易获得帮助。
诚邀广大同行分享成果文章解读,即有利于交流和宣传,又提高文章的影响和引用,宣传平台很重要。
人才是团队发展最关键因素,欢迎本领域科研院所和高校的各位大佬在本平台免费发布招聘、招生广告。
欢迎对本平台文章转载和进一步合作感兴趣的朋友联系我们。
后台回复“合作”,获取投稿、转载、合作相关事宜的详细说明。
宏基因组公众号征稿、招聘、转载、合作启事
文章分类导航目录
注:所有蓝字均为文章链接,点击直达原文阅读
精选文章推荐
10000+
看完此片我想把身上的细菌寄生虫供起来
Nature替宠物正名:宝宝身体好,猫狗不可少!
DNA提取也能发Nature?
学术论文图表基本规范大全
一片看懂肠道菌群在人体中的作用
你想要的生信知识全在这—生信宝典
梅毒狂想曲
NB:实验vs分析,谁对结果影响大
NC:16S序列预测培养基配方
Cell:22篇微生物文章为微生物组打Call
5000+
只要11天,浓度1000倍的抗生素也无效
3分和30分文章差距在哪里?
岛国科普—生命大跃进
深度好文—我们的未来在哪里?
学术图表的基本配色方法
微生物组入门必读+宏基因组实操课程
漫谈16S的前世今生
16S+功能预测发Sciences
Nature:宏基因组关联分析综述
一条命令轻松绘制CNS顶级配图-ggpubr
Co-occurrence网络图在R中的实现
NM:肠道菌群如何划分肠型
ggbiplot-最好看的PCA图
3000+
生信9天速成班—成为团队不可或缺的人
扩增子图表解读-理解文章思路
扩增子分析流程-把握分析细节
扩增子统计绘图-冲击高分文章
QIIME2中文教程-把握分析趋势
宏基因组分析教程
4500元的微生物组培训资料
一文读懂进化树
自学生信-biostar handbook
漱口水增加糖尿病,高血压风险
简单漂亮的在线生信绘图工具
16S预测微生物群落功能0概述 1KO通路PICRUSt 2元素循环FAPROTAX 3表型bugbase 4KO通路Tax4Fun
一文读懂微生物组
培训、会议、征稿、招聘
5月11-13日,北京,中国肠道大会
5月19-20日,北京,数学、计算机和生物青年学者论坛 (大牛云集免注册费且管饭)
最前沿的科学, 寻找最聪明的你—宏基因组公众号编辑招募
中山大学骆观正组招聘博后—生物信息与表观遗传组学
西奈山医学院房刚组招聘博后—宏基因组与表观基因组
林科院亚热带所袁志林组招聘博后—林木根际微生物
科研经验
如何优雅的提问
公众号搜索方法大全
科研团队成长三部曲:1云笔记 2云协作 3公众号
文献阅读1热心肠 2SemanticScholar 3geenmedical
生信编程模板Perl Shell R
生物信息之程序学习
手把手教你生信分析平台搭建
Endnote X8云同步:有网随时读文献
论文Figures,你不能不知道的秘密
你和PPT高手之间,就只差一个iSlide
软件和数据库使用
VSEARCH操作实战-免费使用无内存限制的USEARCH!
SILVAngs:16S/18S在线分析1 2
METAGENassist帮你搞定宏基因组分析的图形需求
Windows轻松实现linux shell环境:gitforwindows
微生物组间差异分析神器-STAMP
扩增子分析神器USEARCH
微生物扩增子数据库大全
antiSMASH:微生物次生代谢物基因簇预测
微生物网络构建:MENA, LSA, SparCC和CoNet
Cytoscape: MCODE包实现网络模块化分析
FUNGuild:真菌功能注释
在线RaxML构建系统发育树
KEGG在线数据库使用攻略
开启win10内置Linux子程序
宏基因组分析专题
1背景知识-Shell入门与本地blast实战
2数据质控fastqc, Trimmomatic, MultiQC, khmer
3组装拼接MEGAHIT和评估quast
4基因注释Prokka
5基于Kmer比较数据集sourmash
6不比对快速估计基因丰度Salmon
7bwa序列比对, samtools查看, bedtools丰度统计
8分箱宏基因组binning, MaxBin, MetaBin, VizBin
9组装assembly和分箱bin结果可视化—Anvi’o
10绘制圈图-Circos安装与使用
MetaPhlAn2分析有参宏基因组
R统计绘图
R语言基础系列:
1数据类型(向量、数组、矩阵、 列表和数据框)
2读写数据所需的主要函数、与外部环境交互
3数据筛选——提取对象的子集
4向量、矩阵的数学运算
5控制结构
ggplot2绘图基础系列:
1初识ggplot2、基本用法以及如何绘制几何对象
2图层的使用——基础、怎样加标签、注释
3工具箱——误差线、加权数、展示数据分布
4语法基础
高级统计绘图:
R画月亮阴晴圆缺:corrplot绘图相关系数矩阵
视频教程:R语言recharts包绘制交互式图形
R语言交互式可视化包CanvasXpress
R语言聚类分析—cluster, factoextra
R相关矩阵可视化包ggcorrplot
LDA分析、作图及添加置信-ggord
ggrepel-解决散点图样品标签重叠,方便筛选样品
R语言添加p-value和显著性标记
Alpha多样性稀释曲线rarefraction curve
堆叠柱状图各成分连线画法:突出组间变化
ggalluvial:冲击图展示组间变化、时间序列
riverplot绘制桑基图
用db-RDA进行微生物环境因子分析-ggvegan介绍
五彩进化树与热图更配-ggtree美颜进化树
实验设计与技术
微生物样本取样及微生物基因组DNA提取建议
样品生物学重复数据选择 1必要性 2需要多少重复?
样品命名 注意事项 实例
扩增子引物选择 16S结构 16S单V4区是最佳选择?
海洋可培养微生物的鉴定与分类
怎么取粪便样品
Rhizosphere、Rhizoplane根际土如何取
NB:扩增子测序革命—用16S及18S rRNA全长进行微生物多样性研究
Microbiome: 室温存储样本宏基因组学研究
基础知识
有声专栏-宏基因组专业词汇—001宏基因组
Microbiota, metagenome, microbiome区别
16S测序,不知道OTU你就out了!
扩增子分析还聚OTU就真OUT了
主流非聚类方法dada2,deblur和unoise3介绍与比较
计量宏基因组学数据分析的方法及进展
排序方法比较大全PCA、PCoA、NMDS、CCA
LEfSe分析,你真的懂了么
宏基因组基础知识梳理
扩增子SCI套路1群落结构差异 2组间差异 3总结
环境因子关联分析—CCA还是RDA
P值背后那些事儿
Adonis和ANOSIM方法组间整体差异评估原理
轻松看懂机器学习十大常用算法
一文读懂随机森林在微生态中的应用
你想知道的ROC曲线
相关分析:Spearman、Kendall和Pearson
必读综述
Nature Reviews:给医生的菌群分析指南
Cell: 宏基因组学成为病毒分类新方法
Nature: 来自细菌的通告——群体感知效应
Nature:呼吸道菌群—呼吸道健康的守门人
Nature: 拥抱未知-解析土壤微生物组的复杂性
Cell:代谢控制中的脑肠轴
Cell:人体肠道细菌与自身细胞的比例究竟是多少?
研究微生物,只靠多组学根本不够
中国微生物组计划—农作物微生物组
Annu Rev:植物微生物组—系统见解与展望
Annual Reviews|微生物组与人
微生物组学与植物病害微生物防治
组学重建真菌现有分类系统
BA:根际微生物组提高植物耐盐性的研究进展
高分文章套路解读
Nature: 培养组学—高通量细菌分离培养鉴定
Nature: EMP揭示地球多尺度微生物多样性
Nature:如何做一篇肠道菌群免疫的顶级文章
Nat Biotech: 宏表观组—DNA甲基化辅助宏基因组binning
Nature: 甘露糖苷选择性抑制致病性大肠杆菌
Nature: 拟南芥根微生物组的结构和组成
Nature: 地球上最古老的热液喷口发现早期生命迹象
Nature Method: 宏基因组软件评估—人工重组宏基因组
Nature Genetics:微生物基因组如何适应植物?
NC:降低微生物群落复杂度突破组装难题
GigaScience:植物MWAS研究—谷子产量与微生物组关联
Microbiome:微生物组研究中你必须注意的细节
Microbiome:HiSeq平台16S扩增子文库构建方法
Microbiome: 简单套路发高分文章—杨树微生物组
Microbiome:肠道菌群失衡促进高血压
Microbiome:重新定义“卫生”概念
Nature Medicine:菌群与疾病的关系:先有鸡还是先有蛋
科普视频-寓教于乐
BBC人体奥秘之细胞的暗战
BBC人体奥秘 Inside.the.Human.Body
NG人体内旅行Inside.the.Living.Body
NG子宫日记 Womb
NHK: 再造人类生命的神奇细胞
CCTV9让尸体说话-法医密档
一顿“寄生虫大餐”,或能治好干净引来的免疫病
致命病毒为何疯狂袭击人类?都怪我们那群会飞的远房亲戚
土豆上的小霉菌引发百万人死亡和逃难
看完这些能控制大脑的寄生虫,你会怀疑人类!
考拉:你以为我想呆萌?幼年吃屎长大磕毒,差点就没活下来
漫画详解:厌氧君和好氧君,谁才是明日之子?
给不爱洗手找个理由——皮肤共生菌可以促进伤口愈合
钻进眼球的致盲寄生虫威胁近亿人,却只是生存竞争的失败者
走进科学:枯草芽孢杆菌替代畜牧业抗生素添加
写在后面
为鼓励读者交流、快速解决科研困难,我们建立了“宏基因组”专业讨论群,目前己有国内外1400+ 科研人员加入。参与讨论,获得专业指导、问题解答,欢迎分享此文至朋友圈,并扫码带你入群,务必备注“姓名-单位-研究方向-职务/年级”。技术问题寻求帮助,首先阅读《如何优雅的提问》学习解决问题思路,仍末解决群内讨论,问题不私聊,帮助同行。
学习16S扩增子、宏基因组科研思路和分析实战,关注“宏基因组”
点我阅读原文,跳转最新文章目录阅读
如果觉得《宏基因组-微生物组文章目录索引(180401)》对你有帮助,请点赞、收藏,并留下你的观点哦!