（一）跨境电子商务遭受不同司法管理
跨境电子商务是一个其作用范围和活动范围都涉及两个以上国家时发生现象。然而，各国的司法管理制度可能存在一定的差异，导致其在边界以外的行为受到不同程度的影响和控制，可能会限制跨境电子商务的发展。
（二）由于海关管理，一些商品可能会受限
由于各国政府的监管，有些商品在进出口时可能受到调控和限制，影响跨境电子商务的发展。比如某些受保护的原产运输的商品或批发，因受关税，贸易协议，商品许可和其他贸易限制的影响，会抑制跨境电子商务的发展。
（三）付款方式带来安全风险
在跨境电子商务中，付款方式是一个重要问题，由于国家现行的监管法规，国际支付方式往往不够安全可靠，容易造成欺诈行为。而在中小企业中，由于营运资金能力不足，付款方式受技术限制，也会影响跨境电子商务的发展。
（四）市场同质化缺乏差异化服务
由于跨境电子商务市场的竞争越来越激烈，同质化的商品层出不穷，缺少差异化的思路。传统的欧洲和美国市场由于地理原因，电子商务发展较慢，影响跨境电子商务的发展。
（五）产品质量控制成为障碍
跨境电子商务贸易最大的问题之一是产品质量控制。由于不同国家的法律法规有所不同，可能会影响产品的质量和安全，保证客户的权益也变得更加困难，这一切都可能会阻碍跨境电子商务的发展。
（六）信息化水平低，信息服务不够现代化
物流配送、客服服务等信息服务的现代化水平还不够，且信息化水平较低，这也是跨境电子商务发展受到阻碍的重要因素之一。除此之外，国内企业信息化能力弱、人力工作量大等问题，也是不可忽视的。
（七）营销模式逐渐落后
主要行业营销方法比较老旧，缺乏新颖性，无法有效匹配消费者需求，这也是影响跨境电子商务发展的因素之一。同时，营销活动的投入往往偏少，大多营销投入并未能带来线下店铺的精准响应，这也直接影响了跨境电子商务的发展。
一、跨境电商投资风险较大
1.平台上商品来源不可靠，需要企业调查多方资料，取得可靠的商品来源，并委托当地销售商，进行海外贸易，保证商品的可靠性和安全性
2.跨境电商网络交易存在信用风险，商家难以保证消费者所购买的产品是否符合商家宣称的标准
3.销售商缺乏实力，比较难以支撑大宗跨境电商战略业务
4.电商投资银行资助有限，贷款利率偏高，贷款流程复杂，容易给企业造成金融压力
5.法律法规不全面，由于不同国家的法律体系不同，同时双方可能因此而受到风险的影响
二、跨境电商的服务距离
1.双方的距离是实现跨境电商活动的重要限制，由于距离的优势，很多商家选择在海外开展网上销售业务
2.跨境电子商务面临货物包装、交通等一系列运输问题，运输也会影响商品的品质
3.由于中西物流系统的不同，海外物流的损耗比较高
4.中外物流运输时效不均，客户需要等待相当长的时间，从而影响商家的回报
5.海外售后服务条件比较差，消费者若有任何问题可能得不到及时的服务
三、跨境电商技术上的缺陷
1.由于地理距离的影响，跨境电商网站的安全问题比较严重；
2.中西客户端和服务器环境差异大，很多应用软件在中西环境下不能顺利运行；
3.跨境电商客户采购需求差异大，前期的技术人员和支持人员培训应用成本较高；
4.货物的保管、保养需要一定的技术操作，技术人员和保管人员需要具备相应的技能；
5.跨境电子商务系统复杂，市场变化快，改变网站需求等都需要全面的专业技术支撑和管理。
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