此文主要涉及随机森林组间变量重要性和物种丰度差异检验绘图，包含以下几部分内容：
1）随机森林分类；
2）随机森林分类变量重要性绘图；
3）物种丰度差异检验绘图
4）随机森林分类变量重要性及物种丰度差异组合图
1. 数据准备
此处使用包含分类信息的虚构微生物otu数据，用于构建随机森林分类模型。
# 1.1 导入数据setwd("D:\\EnvStat\\公众号文件\\随机森林分析")#设置工作路径##后续合并数据表时，物种名必须一样，##所以导入的数据表尽量不要有特殊符号。#dir()#file.show("otu.csv")otu = read.csv("otu.csv",row.names = 1,header = TRUE,check.names = FALSE,stringsAsFactors = FALSE) # 微生物组数据dim(otu)head(otu)
图1|原始otu表，otu.csv。前两列为分类信息，后面分析只使用depth分类信息。
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