R语言之read.table与write.table详解

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‍数据的各种形式

一般而言, 数据的每一行的不同元素可由tab键(txt文件), 逗号(csv文件), 空格等隔开.

另外, 数据有行名和列名, 数据存储的时候可选择保存或者不保存.

下面给出几种常见的数据的形式(txt文件的分隔符指定为tab键, csv文件的分隔符指定为逗号).数据的内容是一致的, 行名是("a1", "a2"), 列名是("A", "B", "C").

a.txt:

ABCa10.10.21a2a"a"1

b.txt:

ABC0.10.21a"a"1

c.txt:

0.10.21a"a"1

a.csv:

,A,B,Ca1,0.1,0.2,1a2,a,"a",1

b.csv:

A,B,C0.1,0.2,1a,"a",1

c.csv:

0.1,0.2,1a,"a",1

数据的输入

read.table函数的声明如下:

read.table(file,header=FALSE,sep="",quote="\"'",dec=".",row.names,col.names,as.is=!stringsAsFactors,na.strings="NA",colClasses=NA,nrows=-1,skip=0,check.names=TRUE,fill=!blank.lines.skip,strip.white=FALSE,blank.lines.skip=TRUE,comment.char="#",allowEscapes=FALSE,flush=FALSE,stringsAsFactors=default.stringsAsFactors(),fileEncoding="",encoding="unknown",text,skipNul=FALSE)

下面仅从读入上述数据初步说明read.table函数参数的含义,具体参数含义请自行查阅帮助文档.

a.txt<-read.table("a.txt",quote="'")#a.txt<-read.table("a.txt",header=TRUE,quote="",row.names=1)b.txt<-read.table("b.txt",header=TRUE,quote="")c.txt<-read.table("c.txt",quote="")a.csv<-read.table("a.csv",header=TRUE,sep=",",quote="",row.names=1)b.csv<-read.table("b.csv",header=TRUE,sep=",",quote="")c.csv<-read.table("c.csv",sep=",",quote="")a.csv<-read.csv("a.csv",quote="",row.names=1)b.csv<-read.csv("b.csv",quote="")c.csv<-read.csv("c.csv",header=FALSE,quote="")

其中read.csv函数是为处理csv文件而由read.table函数变形而来.

由上述代码可以看出,

1. header是指定是否原文件是否包含列名, read.table默认值为FALSE, read.csv默认值为TRUE. 值得注意的是a.txt文件包含列名, 但是用read.table读取时使用了默认参数FALSE, 没有出错的原因在于: 在没指定header参数时, 如果第一行的元素比其他行的元素少一个, 自动将header参数设置为TRUE.

2. sep是用来指定分隔符的. 默认值为"", 表示1个或多个空格, tab键, 新的一行, 回车键. read.csv默认值为",".

3. quote用来指定包围字符型变量的符号, 读入后自动将其剔除. read.table默认值为"\"'",read.csv默认值为"\"",故为了保留a与"a"的差别, 将quote设置为"".

4. row.names用于指定行名, 如果是数值k时, 则将第k列设为列名, 并将其从数据中移除. 值得注意的是a.txt文件包含行名, 但是用read.table默认不设置row.names参数, 没有出错的原因在于: 在没指定row.names参数时, 如果第一行的元素比其他行的元素少一个, 自动将row.names参数设置为1.

输出数据

write.table函数的声明如下:

‍

write.table(x,file="",append=FALSE,quote=TRUE,sep="",eol="\n",na="NA",dec=".",row.names=TRUE,col.names=TRUE,qmethod=c("escape","double"),fileEncoding="")

下面仅从输出上述数据得到与输入前一样的文件来说明write.table函数参数的含义,具体参数含义请自行查阅帮助文档.

a.txt<-write.table(a.txt,"a.txt",quote=FALSE,sep="\t")b.txt<-write.table(b.txt,"b.txt",quote=FALSE,sep="\t",row.names=FALSE)c.txt<-write.table(c.txt,"c.txt",quote=FALSE,sep="\t",row.names=FALSE,col.names=FALSE)a.csv<-write.table(a.csv,"a.csv",quote=FALSE,sep=",",col.names=NA)b.csv<-write.table(b.csv,"b.csv",quote=FALSE,sep=",",row.names=FALSE)c.csv<-write.table(c.csv,"c.csv",quote=FALSE,sep=",",row.names=FALSE,col.names=FALSE)a.csv<-write.csv(a.csv,"a.csv",quote=FALSE)b.csv<-write.csv(b.csv,"b.csv",quote=FALSE,row.names=FALSE)c.csv<-write.csv(c.csv,"c.csv",quote=FALSE,row.names=FALSE,col.names=FALSE)

其中write.csv函数是为处理csv文件而由write.table函数变形而来.

由上述代码可以看出,

1. quote用来指定是否为字符型变量添加双引号.

2. sep是用来指定分隔符的. write.table默认值为" ",write.csv默认值为","且不能更改.

3. row.names指定是否输出行名.

4. col.names指定是否输出列名. write.table可设置为NA, 表示列名前空出一个位置, write.csv不能设置为NA, 如果设置为TRUE, 默认空出一个位置, 不可更改.

拓展阅读

1. write.table数据的默认形式

default.table

"A""B""C""a1""0.1""0.2"1"a2""a""\"a\""1

运行以下代码,default.table文件不改变

input<-read.table("default.table")write.table(input,"default.table")

2. write.csv不存在默认的数据形式

3. R主要用于数据分析, 文本处理更适合交给perl, 使数据类型兼容perl

default.table

ABCa10.10.21a2a"a"1

读取和输出代码如下:

default.table<-read.table("default.table",sep="\t",quote="")#通常情况下,不需要特别指定quote,数据里面有可能使用了空格等字符,故应指定分隔符write.table(default.table,"default.table",quote=FALSE,sep="\t",col.names=NA)

4. 使用append保存中间运行结果

例如, 需要生成每行100个U[0, 1]分布随机数, 下面代码表示每生成100个随机数就保存一次.

colnames<-t(c("",paste("X",1:100,sep="")))write.table(colnames,"random.table",quote=FALSE,sep="\t",row.names=FALSE,col.names=FALSE)i<-1while(1){write.table(t(c(i,runif(100))),append=TRUE,"random.table",quote=FALSE,sep="\t",row.names=FALSE,col.names=FALSE)i<-i+1}

5. 长度不一的数据读取

awful.table

ABCa10.10.21a2a"a"1a3333a44444a555555a666666

显然, 有些行的元素比列名的个数多, read.table应该不支持自动列名补全(如果有错, 麻烦指正), 故header设置为FALSE, 为了使每一行的元素个数一致, 设置fill为TRUE, 如果要设置空的单元格为NA, 可设置na.strings为"", 为了使sep分割的空字符成为一个单元, 可以设置strip.white为TRUE, 为了不使含有字符型元素的列成为factor, 可以设置stringsAsFactors为FALSE;

值得注意的是, 这种情况下, 需要特别指定列名, 否则, R程序会自动根据前5行计算出列的个数, 故这里要设置col.names = paste("X", 1:7, sep = "").

awful.table<-read.table("awful.table",header=FALSE,sep="\t",quote="",col.names=paste("X",1:7,sep=""),na.strings="",fill=TRUE,strip.white=TRUE,stringsAsFactors=FALSE)colnames(awful.table)<-ifelse(is.na(awful.table[1,]),colnames(awful.table),awful.table[1,])awful.table<-awful.table[-1,]rownames(awful.table)<-awful.table[,1]awful.table<-awful.table[,-1]

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