勉强答一下。
题主提到的两个NVME固态我都没有使用过，因为没(yi)有(ge)需(zi)求(qiong)。但楼主说明是NVME固态，那这两个硬盘都是走的PCI总线。
一般如果能够识别一个固态，那另一个应该都能识别的。也不太可能是主板的问题，因为在Windows下识别是正常，唯一可能的是Linux下的驱动问题。
由于题主没有说明自己用的是什么Linux的发行版，我也不好妄下结论就一定是驱动的问题，但可以从以下几个方面检查。
进入Linux系统，进入终端(命令行)运行sudo lspci，这个命令可以看到系统识别到的所有的在PCI总线上的设备。在里面找这两块硬盘，正常识别的话都会看到制造商和设备属性(如硬盘或者网卡什么的)，下图是我的虚拟机上的截图，可以看到识别了网卡和SATA硬盘等。虚拟机里看到的，红线上是网卡和SATA硬盘控制器。
如果以上能够看到两块NVME的硬盘，说明系统正常识别了总线上的设备。
题主提到的不显示，应该是在文件管理器中看不到硬盘(盘符)，这很可能是系统能没有硬盘使用的文件系统的驱动，因为一般的Windows使用的文件系统是exFAT或者NTFS(FAT32是很古老的文件系统了，Linux是自动提供支持的)，这两个在一般的Linux发行版都不会默认安装的。要检查是否识别了Windows下的分区：
sudo lsblk -f
检查他的输出，如果看到两块硬盘和对应的FSTYPE(文件系统类型)，说明内核编译了相关的驱动，你只需要安装用户空间的软件就可以操作这些分区了。如果没有看到FSTYPE下的输出，你就需要重新编译内核了。
我自己使用的是Fedora28，原来安装的桌面管理系统是GNOME，后来改成了KDE。这两个桌面管理系统都会默认安装NTFS相关的工具(驱动实际在一般内核里都会安装，但工具不安装话还是看不到)，因此打开文件管理器，都会自动看到这些分区。
如果题主的硬盘恰好是格式成了这两种文件系统，需要在Linux发行版内安装以下软件：ntfs-3g(操作NTFS文件系统)和exfat-utils(操作exFAT文件系统)。装完这两个软件，退出登录再重新登，使用mount操作分区就可以了。
如果要在桌面系统里面自动挂载这些分区，KDE的Dolphin和GNOME的Nautilus都需要安装cifs相关组件来自动挂载。具体可以参考相关的官方文档或者直接去搜网络。
linux系统无法识别固态硬盘_常见的Linux发行版是不是只能识别一个nvme固态硬盘 还是主板支持的问题？...
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