[samtools] 文本查看语法 浏览SNP/INDEL位点

santools可以作为文本查看工具，查看比对结果文件，下面做一简单介绍：

1. 通过BWA比对获取sam比对文件，也可以将fastq文件转化为bam/sam文件；

2. 转换sam文件为bam文件，samtools view -bS seq.sam > seq.bam

3. 对bam文件进行排序，samtools sort seq.bam -o seq.sorted.bam

4. 对bam文件进行index，samtools index seq.sorted.bam

5. 查看比对结果文件，samtools tview seq.sorted.bam ref.fasta

注：

所有的帮帮助说明都可以在官方网站查阅：

/doc/samtools.html

/samtools/hts-specs

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