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CESM优化——Intel编译器编译安装NetCDF库(C+Fortran)

时间:2024-04-10 14:37:17

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CESM优化——Intel编译器编译安装NetCDF库(C+Fortran)

文章目录

安装包链接(也是我当前使用的版本):一、安装zlib二、安装szip三、安装hdf5四、安装netcdf-c五、安装netcdf-fortran六、配置环境变量

在ASC19的地球气候系统(CESM)环境配置中,安装时间和安装步骤最复杂的数学库必须是Netcdf库。楼主足足研究了五天。下面都是使用源码安装,因为优化CESM要比较不同版本的库。

NetCDF全称为network Common Data Format,中文译法为“网络通用数据格式”,对程序员来说,它和zip、jpeg、bmp文件格式类似,都是一种文件格式的标准。netcdf文件开始的目的是用于存储气象科学中的数据,现在已经成为许多数据采集软件的生成文件的格式。

注意:

cdf4.2以上的版本c库和fortran库分开,要先安装netcdf-c,然后再安装netcdf-fortran。

2.要注意编译安装库时候的编译器要和你以后编译你的Fortran代码使用的编译器一致,否则以后在编译Fortran源代码其中用到netcdf库时会出错。

3.需要先安装szip zlib hdf5,解决软件依赖性问题

安装包链接(也是我当前使用的版本):

netcdf-c-4.4.1.tar.gz

/Unidata/netcdf-c/releases/tag/v4.4.1

netcdf-fortran-4.4.4.tar.gz

/Unidata/netcdf-fortran/releases/tag/v4.4.4

openmpi4.0(本节不介绍,详细信息在以下链接)

/weixin_41890971/article/details/86766492

szip-2.1.1.tar.gz

/doc_resource/SZIP/

zlib-1.2.11.tar.gz

/

hdf5-1.10.4.tar.gz

/ftp/HDF5/releases/hdf5-1.10/hdf5-1.10.4/src/

一、安装zlib

1.解压 tar -zxvf zlib-1.2.11.tar.gz

2.配置安装信息

env \CC="gcc -fPIC" \CFLAGS="-O2" \CXX="g++ -fPIC" \CXXFLAGS="-O2" \./configure \–prefix=/home/CESM_Share/netcdf_intel \--sharedlibdir=/home/liangziquan/intel/lib/intel64

可以使用 ./configure --help来查看选项。后面要用Intel编译器安装Netcdf,所以链接了Intel库。

3.编译. make

4.检查. make check

5.安装. make install

安装完成之后会在$netcdf_intel这个目录下生成三个文件lib include share

二、安装szip

1.解压 tar -zxvf szip-2.1.1.tar.gz

2.配置安装信息.

env \CC="gcc -fPIC" \CFLAGS="-O2" \CXX="g++ -fPIC" \CXXFLAGS="-O2" \./configure \–prefix=/home/CESM_Share/netcdf_intel \--sharedlibdir=/home/liangziquan/intel/lib/intel64

可以使用 ./configure --help来查看选项。

3.编译. make

4.检查. make check

5.安装. make install

三、安装hdf5

使用netcdf-4特性需要hdf5来支持,这个特性支持2G以上的文件。

1.解压 tar -zxvf hdf5-1.10.4.tar.gz

2.配置安装信息.

env \CFLAGS="-O3 -fPIC" \CXXFLAGS="-O3 -fPIC" \./configure \–prefix=/home/CESM_Share/netcdf_intel \--with-zlib=/home/CESM_Share/netcdf_intel \--with-szlib=/home/CESM_Share/netcdf_intel

(–with-parallel,如果需要并行io支持,加上这参数)

3.编译 make

4.检查编译信息 make check

5.安装 make install

四、安装netcdf-c

1.解压 tar -zxvf netcdf-4.4.1.tar.gz

2.配置安装信息

./configure \CC=icc \CXX=icpc \FC=ifort \F90=ifort \F77=ifort \CFLAGS="-g -O3 -fPIC" \CXXFLAGS="-g -O3 -fPIC" \CPPFLAGS=-I/home/CESM_Share/netcdf_intel/include \LDFLAGS=-L/home/CESM_Share/netcdf_intel/lib \--disable-dap \–prefix=/home/CESM_Share/netcdf_intel

3.编译 make

4.编译信息检查 make check

5.安装 make install

五、安装netcdf-fortran

1.告知库文件位置.终端中输入

export LD_LIBRARY_PATH=/home/CESM_Share/netcdf_intel/lib:$LD_LIBRARY_PATH

2.解压tar -zxvf netcdf-fortran-4.4.4.tar.gz

3.配置安装信息.

./configure \CC=icc \CXX=icpc \FC=ifort \F90=ifort \F77=ifort \CFLAGS="-g -O3 -fPIC" \CXXFLAGS="-g -O3 -fPIC" \CPPFLAGS=-I/home/CESM_Share/netcdf_intel/include \LDFLAGS=-L/home/CESM_Share/netcdf_intel/lib \--disable-dap \–prefix=/home/CESM_Share/netcdf_intel

如果没有输入 --disable-dap的话,要预先安装curl。dap应该是用于远程数据处理相关的,这里不安装也行。

4.编译 make

5.检查 make check

6.安装 make install

六、配置环境变量

1.终端中输入 vim ~/.bashrc 按i进入插入模式,输入如下信息

###############netcdf4.4_intel#########################export NETCDF=/home/CESM_Share/netcdf_intelexport PATH=\$NETCDF/bin:$PATHexport LD_LIBRARY_PATH=\$NETCDF/lib:$LD_LIBRARY_PATHexport CPPFLAGS='-I/home/CESM_Share/netcdf_intel/include'export LDFLAGS='-L/home/CESM_Share/netcdf_intel/lib'

输入完成保存退出(先按esc键,然后输入:wq保存退出)

2.重新登录,使环境变量生效;使用source也可以,但我选择exit。

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