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如何利用3Dslicer将mhd格式三维图像迅速转换为tif单张图片

时间:2020-11-04 13:04:00

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如何利用3Dslicer将mhd格式三维图像迅速转换为tif单张图片

之前做图像处理时不知道从哪里搜集来了一批mhd格式的三维图像,当时绞尽脑汁地先把这批图像批量转换为了nii,又用matlab将其从nii格式转换为了tif格式(参考:/wrj199421/article/details/84645844)

但是后来下载了3D slicer之后,发现自己完全不用这么麻烦!完全可以借助软件,一个下午搞定所有序列格式转换!

1.首先附上3D slicer的官方下载地址:/

(请注意根据自己电脑系统选择相应的版本下载,上一排是稳定版,下一排是开发者版本。第一列是Windows系统;第二列是苹果电脑系统;第三列是Linux系统,请不要下载错。对了,目前还没有iPhone、iPad以及Android版本。

2.然后打开软件,选择导入相应的三维数据,或者直接将图像拖入界面也可。

3.读取数据之后再选择“save”,如图所示,取消第一个MRML Scene前面的小勾勾,在下面自己的图像数据上选勾,并在File Format栏里选择自己需要的各种格式即可,png和jpg图像也完全没问题。但是注意!这里直接导出的是单张多页图像组!而非单张图像!

(如图所示,直接导出的是单张多页的图像组)

4.我们需要在matlab中将这一组多页的图像分为多张图像,以便后续计算处理。打开matlab:

>> path='C:\Users\wrj\Desktop\'; %导入图像所在的路径

savepath='E:\tifpicture\'; %新生成图像储存的路径

for i=1:27 %一组图像包含的页数

I = imread([path,'CT_wl_0.tif'],i);%读入文件的第i页

imwrite(I,[savepath,num2str(i,'%04d'),'.tif']);%保存单层图片,以其在原文件中的顺序命名

end

5.最后得到如图所示一整个序列的图像。

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