安装clustalw很简单,不提了。
找了几个蛋白序列进行比对,命名为dm.fasta
1、输入./clustalw2 进入交互模式
2、选择1 并输入文件名字
3、输入2, 进行多序列比对
4、如果要修改输入格式,则点9
5、若要输出格式为phylip,则点4,并关闭1
6、按下回车,后退
7、选择1进行比对, 因为phylip输入文件为名infile, 所以这里直接改名字infile,并退出软件即可
安装phylip
减压后,进入src 并输入 make -fMakefile.unx install
然后进入exe, 并将刚才比对结果infile 移到exe中。
进行构建树:
1、最大似然
直接输入./proml , 输入y进行确定参数,得到两个文件,outtree 和outfile,若想图形化,则将outtree 改为outtree.tre 可在mega上查看
2、临接法
先输入./protdist. 计算各个序列中两两序列的距离,得到距离矩阵。将该结果文件改名为infile,并进行临接法构进化树,方法为;输入./neighbor.用同样的方法可以在mega上查看图像
QIIME1 聚OTU
qiime 本身不提供聚类的算法,它只是对其他聚otu软件的封装 根据聚类软件的算法,分成了3个方向: de novo: pick_de_novo_otus.py ...
15、使用ggtree实现进化树的可视化和注释(转载)
本文作者:余光创,目前就读于香港大学公共卫生系,开发过多个R/Bioconductor包,包括ChIPseeker, clusterProfiler, DOSE,ggtree,GOSemSim和Rea ...
扩增子分析解读6进化树 Alpha Beta多样性
分析前准备 # 进入工作目录 cd example_PE250 上一节回顾:我们的OTU获得了物种注释,并学习OTU表的各种操作————添加信息,格式转换,筛选信息. 接下来我们学习对OTU序列的 ...
深入了解Ant构建工具 命令
深入了解Ant构建工具 标签:ant工具任务jarjavaclass -05-29 21:161346人阅读评论(2)收藏举报 版权声明:本文为博主原创文章,未经博主允许. ...
Ant构建原理及build.xml文档描述
最近在改写jmeter,用到ant构建,记录一下. Ant的概念Make命令是一个项目管理工具,而Ant所实现功能与此类似.像make,gnumake和nmake这些编译工具都有一定的缺陷,但是Ant ...
HDU 1560 DNA sequence(DNA序列)
HDU 1560 DNA sequence(DNA序列) TimeLimit:15000/5000MS(Java/Others)MemoryLimit:32768/32768 K ...
Apache Ant 项目构建
项目构建:通过构建工具对多个项目进行统一批量的编译和运行,比如,对多个Jmeter脚本批量运行 1.Ant是什么? Ant是 构建工具,Apache Ant是一个将软件编译.测试.部署等步骤联系在一起 ...
进化树(phylogenetic trees)
构建进化树的工具有: muscle mega 进化树的可视化: 本地可视化软件 Figtree (网址:http://tree.bio.ed.ac.uk/software/figtree/) 该软件是 ...
Python3学习笔记(四):序列
一.序列概览 Python 包含6 种内建的序列:列表,元组,字符串,Unicode字符串,buffer对象和xrange对象.这里重点讨论最常用的两种类型:列表和元组. 列表与元组的主要区别在于: ...
随机推荐
DEM数据如何生成高程点
这次给大家介绍一个arcgis里的实用功能:通过地形数据提取高程点. 首先做好准备工作: 1.地形数据下载获取 2.软件准备 locaspace viewer:/ ...
C# ~ 泛型委托
泛型 应用 1. 比较 2 个对象的大小? 参考 1. .NET面试题系列 - 对象大小比较:由一个泛型方法想到的 - 对象大小比较:
js 关于日期
new Date() 获取当前的完整日期 : 如 -12-30 new Date().getFullYear() 获取当前的年份 new Date().getMonth() 获取当前的月份( ...
14、SQL Server 存储过程
SQL Server存储过程 存储过程类似函数,可以重复使用.相对于函数,存储过程拥有更强大的功能和更高的灵活性. 存储过程中可以包含逻辑控制语句和数据操作语句,可以接受参数,输出参数,返回单个值或 ...
commons-lang使用
跟java.lang这个包的作用类似,Commons Lang这一组API也是提供一些基础的.通用的操作和处理,如自动生成toString()的结果.自动实现hashCode()和equals()方法 ...
soapui 自动化教程
本教程主要讲述对接口的自动化测试,略过压力测试.安全测试.最终目标是通过groovy脚本执行一个文件,发送多个任务请求.验证返回值是否符合期望.教程从soapui入门到groovy实现回传参数.生 ...
vue 项目部署后 刷新一下 页面找不到 解决
1.修改配置router的参数 (效果不好) 2. (不能解决 出现403) 后端配置例子 Apache RewriteEngine O ...
如何搭建私人的ghost博客
可参考 http://blog.pandax.me/cjbk/ 此文
pyton全栈开发从入门到放弃之数据类型与变量
一.变量 1 什么是变量之声明变量 #变量名=变量值 age=18 gender1='male' gender2='female' 2 为什么要有变量 变量作用:“变”=>变化,“量”=> ...
如果觉得《clustalw序列比对_序列比对和构建进化树(clustalw和phylip)》对你有帮助,请点赞、收藏,并留下你的观点哦!