首先你的理解方式是错的，不能这样理解这个字有两种读音。
打个比喻，钟和冲里面中为什么有读zhong又读chong呢。
你的理解就相当于这种感觉。
消(き)えるkieru和消(け)すkesu其实和上面的例子是一样的，他们两个分别都是单独的一个单词，你不能把き和える分开来看。分开了就不是这个单词了。金字旁和中字分开了还能算钟吗
所以，这是两个不同单词，读音不一样是正常的，我们不能只看汉字不看假名，在日语里，假名也是文字，不是分开来看的。首先先纠正一下你的误解。
然后这两个词的区别在于一个是自动词，一个是他动词。
消(き)えるkieru意思指什么东西消失了，灭了，关了，不随意志所控制，是自动词。
～が消える
电気が消えた灯灭了
音が消えた声音消失了
消(け)すkesu意思是指把什么关闭，擦掉，抹掉等，使。。。消失，是主管意识的行为，属于他动词。
～を消す
电気を消す关灯
痛みを消す消除疼痛
不安を消す打消顾虑
棒线を消す擦掉竖线
补充一下，消这个词还有一个读音，上述两种是训读。
还有一种音读，读しょう
消费しょうひsyohi
消耗しょうもうsyomo
希望对你有帮助。
消弭
读音：xiāo mǐ
释义：消除（坏事）；平息
出处：《后汉书·文苑传下·赵壹》：“以贵下贱，握发垂接，高可敷翫坟典，起发圣意，下则抗论当世，消弭时灾。” 宋 叶适 《虞夫人墓志铭》：“夫人从其子守温州，明简静恕，能消弭大鬪，使之轻微。” 《东周列国志》第二回 ：“赵叔带乃上表谏曰：‘山崩川竭，其象为脂血俱枯，高危下坠，乃国家不祥之兆。况岐山王业所基，一旦崩颓，事非小故。及今勤政恤民，求贤辅政，尚可望消弭天变。奈何不访贤才而访美女乎？’”清 周亮工 《巡抚山东救荒碑》：“粤自警洚水，祷桑林以来，圣帝贤王不难消弭天变。”郭沫若 《蔡文姬》第四幕：“丞相用兵作战是为了平定中原，消弭外患。”
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