1、密封保存：由于灵芝孢子粉与空气接触非常容易氧化，因此为了保留住灵芝孢子粉的有效成份，一般建议使用真空包装或者使用软胶囊的包装方式，如果是购买的散装灵芝孢子粉建议用瓶子密封好。
2、低温存储：破壁后的灵芝孢子粉含有三萜油脂化合物，破壁以后会溢出与孢子合成粘湿粉末状。
3、分装保存：如果是大量的灵芝孢子粉建议分装密封保存，例如，1公斤的破壁灵芝孢子粉，可以分成10袋，100g真空装的破壁灵芝孢子粉分装保存。还有一种保存方法，就是将大量的孢子粉，分别在几个透明的密封玻璃瓶中保存，这样也可以提高保存效果。
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