1、继发性肝癌继发性肝癌病情发展缓慢，AFP检测一般为阴性。主要鉴别方法为检查肝脏以外器官有无原发癌肿病灶。
2、肝硬变多有肝炎病史，且病程较长，有肝硬化的体征表现，如脾肿大、食管胃底静脉曲张、蜘蛛痣、肝掌等。
3、肝脓肿：肝脓肿B超检查为液性暗区，肝穿刺吸脓常能最后确诊。
4、肝脏良性肿瘤：如肝海绵状血管瘤、肝腺瘤等，借助B超、CT、肝血管扫描，以及肝动脉造影可以鉴别。
5、肝包虫病：多见于牧区，有牛、羊、犬等接触史，B超检查为液性暗区、AFP为阴性均有助于鉴别。
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