随着人们生活水平不断提高，畜禽产品的需求量也逐年增加。畜禽养殖业发展在保障城乡畜禽产品供应、促进农民增收、活跃农村经济方面发挥了重要作用。
然而，随之而来的污染物排放量也大幅增加。根据环境保护部度主要污染物总量减排核查核算结果，全国畜禽养殖业的化学需氧量、氨氮排放量分别达到1071.94万吨和60.48万吨，占全国排放总量的比例分别为45.56％和24.62％，畜禽养殖已经成为环境污染特别是水环境污染的重要来源。
11月14日，环境保护部和农业部联合制定发布了《全国畜禽养殖污染防治“十二五”规划》（以下简称《规划》）。11月11日，国务院公布了《畜禽规模养殖污染防治条例》（以下简称《条例》），自1月1日起施行。这些法律及规划的发布和实施，必将对畜禽养殖业健康、可持续发展起到积极的作用。
然而，尽管已有法律和政策框架保障，但做好畜禽养殖业污染防治工作仍然困难重重。
一是各部门协作治理的工作机制尚未形成。虽然《条例》已经对各部门职能职责进行了明确，但由于尚未明确考核的方式和手段，对相关部门难以起到有效的激励、约束作用，造成部分地区畜禽养殖污染治理的责任仍然全部或大部分落到环保部门头上，出现环保部门唱独角戏的局面。
例如，《规划》中设定的目标是，到，全国畜禽养殖污染状况基本摸清。这个目标的实现必须依靠农牧部门的支持和配合。然而截至目前，仍有大部分省份的畜禽养殖污染状况不清楚，现场检查中也经常出现养殖场实际养殖数量与农牧部门提供数据存在较大差距的情况。
二是已建成污染治理设施运行保障措施匮乏。近年来，国家通过实施中央环保专项资金项目、中央农村环保专项资金项目等多项政策措施，有效促进了畜禽养殖污染治理设施建设。然而，有效的运行保障措施却明显匮乏，很多已经建成的治理设施无法长期维持正常运行甚至不运行。
比如大部分未进入种养结合产业链的中小型有机肥厂长期亏损，无法正常运转。笔者在工作中发现，虽然对有机肥的生产、销售和使用执行了免增值税及其他的补贴政策，但是由于有机肥的价格明显高于化肥的价格，且使用起来比化肥费力、肥效慢，种植户更倾向于选择化肥。
再比如，北方地区的沼气综合利用工程由于管理不规范、气量不稳定、设施保温困难、存在安全隐患等问题，直接放空沼气或直接燃烧现象普遍存在，冬季基本处于停运状态。
三是政策制定过程中未充分考虑地区差异。我国幅员辽阔，各地在自然气候条件、经济发展状况、养殖规模等方面都有较大的差别。然而目前的政策制定、任务布置和资金支持上基本属于“一刀切”，未充分考虑地区差异，导致各地在开展畜禽养殖污染治理工作过程中感受到的考核压力、财政负担均有不同，同样的付出产生的污染治理效果也完全不同。
例如对比黑龙江省和浙江省。黑龙江省冬季严寒且冰封期较长，地势较为平坦且耕地面积大。经济发展相对滞后，全省财政收入为1277.4亿元。畜禽养殖规模大污染物排放量多，排放化学需氧量103.51万吨。而地处江南地区的浙江省则温暖潮湿，地势以山地和丘陵为主，水网纵横，耕地面积小。经济发展较快，全省财政收入为3796.92亿元，为黑龙江省的3倍。畜禽养殖规模小，污染物排放量少，排放化学需氧量17.39万吨，不到黑龙江省排放量的1/5。虽然两省在各方面均有较大的差异，但国家在对两省畜禽养殖场污染治理设施建成比例和污染物排放总量削减比例设定、污染治理工艺推荐，以及资金补助上却未体现出明显区别。
四是监管和执法能力严重不足。一直以来，环保部门主要将工作精力放在对城市工业企业监管上，对规模化养殖的企业管理机制刚刚理顺。面对数量大、分布广的畜禽养殖户，环保部门在执法监管过程中面临执法人员不足、畜禽养殖底数不清、监管和执法设备匮乏、交通条件不便利、对养殖户无约束性措施等实际困难。
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