1949年12月，蒋介石指派顾祝同与胡宗南两个心腹干将，分别出任西南军政长官和副长官，准备在西南负隅顽抗。
顾祝同抵达四川后，首先拉拢地方军阀刘文辉、邓锡侯等人，阻止他们向解放军投诚。12月5日，顾祝同和胡宗南突然接到刘文辉的请帖，请他们晚上到府中一聚。
顾祝同心中疑窦顿生，当时国民政府已准备迁移台湾，顾祝同绝不相信刘文辉会向已然战败的国民党诚心示好。
“这小子葫芦里究竟卖的什么药?”
“管他什么药，今晚去看看就知道了，谅他也不敢摆出鸿门宴。”胡宗南说道，他也不相信刘文辉有诚意。
当晚7时，顾祝同、胡宗南等人来到刘文辉的宅邸，刘文辉大摆筵席情款待，酒过三巡，刘文辉主动向顾祝同等人表白说：“我知道你们担心我投向共产党，但你们觉得这可能吗?”顾祝同与胡宗南不置可否。
刘文辉接着说：“我刘文辉是谁，是大军阀、大官僚、大资本家、大地主，还是响当当的大地主刘文彩的弟弟，这样样都占齐了，就算共产党肯要我，我也不敢去啊！”顾祝同觉得此话有些道理，可刘文辉的目的却是为了麻痹顾与胡，为投诚创造条件。
12月7日，部下突然来报：“刘文辉、邓锡侯出走了!”顾祝同大吃一惊，气得对部属拍了桌子。“不是叫你们严加看守吗?早就知道他们不会乖乖就范!”
当天下午，顾祝同派人给刘文辉送信，称蒋介石已决定派刘文辉、邓锡侯主持川省军政大计，希望他们消除误会，返回成都。但遭到拒绝。12月9日，刘文辉、邓锡侯等人发出起义通电，宣布与国民党彻底断绝关系。
12月10日，云南省主席卢汉响应刘文辉，亦通电起义，并扣留国民党驻昆明工作人员。顾祝同拉拢刘文辉、卢汉等西南将领的计划宣告失败。
随后，顾祝同、胡宗南精心筹划在成都地区与入川解放军进行一场决战，可其计划未来得及实施便被打破，只得狼狈逃走。
1950年1月，顾祝同以参谋总长兼代“国防部长”身份，奉蒋介石之命赴云南边境蒙自，布置残部进行滇西游击战，同时将那里的主力部队抢运到台湾。
处理完公务后，顾祝同突然决定到西昌去看看老朋友胡宗南，并于5日清晨由蒙自飞往西昌。然而他刚到西昌，便得到消息:解放军打到了蒙自!
顾祝同顿时惊出一身冷汗，他差一点儿就成了解放军的俘虏。事后方知，解放军当时得到情报:“驻蒙自的国民党部队准备逃往台湾，顾祝同可能已到蒙自。”于是解放军集中三个军的兵力直扑蒙自。
经此一战，驻蒙自的国民党军一部分被歼，一部分经滇南逃往越南、缅甸。顾祝同因一时心血来潮去了西昌，使他逃过一劫，庆幸自己福大命大。
抵达西昌后，顾祝同与蒋经国等人下榻于邛海新村胡宗南官邸，由胡宗南的秘书赵龙文作陪。
邛海位于西昌东北角，距离西昌城十多里，邛海新村建在邛海正北面，距离西昌城约40里。村东南是庐山，有古庙七八层，古柏参天，村南不足半里就是邛海。如此依山傍水之地，实乃旅游休闲之绝佳场所。但眼前美景，在顾祝同等国民党将领看来，却充满凄凉萧瑟的味道。
顾祝同抵达西昌第二天，胡宗南以请驻西昌将领吃饭的名义，在邛海召开高级军事会议。蒋经国、顾祝同、赵龙文等人均出席了会议。会上，蒋经国传达蒋介石指示：北面封锁大渡河，南面封锁金沙江，死守西昌。所要武器，美国总统杜鲁门已经表示，由美国源源供给。
蒋经国苦口婆心地说：“美国很快就会出兵，第三次世界大战很快就要打起来了。美国要求我们在大陆保留一个基地，以便配合反攻。因此，必须守住西昌。否则打起来后，反攻就失去了后方基地。”
此后，顾祝同又在西昌主持召开了他在大陆主持的最后一个军事会议，该会议长达七天。会议决定建立滇西根据地，固守西昌，以李弥、余程万两个军为主力，纠合胡宗南先期成立的7个纵队的地方土匪武装，保卫西南大陆，如在滇西站不住脚，则转移到泰缅边界去。
就在会议最后一天，解放军已进逼西昌，顾祝同随即同蒋经国登上飞机，经海口飞往台湾。
“无限江山，别时容易见时难啊……”随着飞机缓缓起飞，顾祝同顿生无限凄凉之感。他心里明白，西昌是守不住的，国民党在大陆的统治结束了。
3月27日，西昌解放。国民党残军仓皇逃离，能够乘飞机逃往台湾的只是少数，大多数官兵被俘，个别将领逃往深山当了“野人”。蒋介石在西南的最后一块基地灰飞烟灭。
（照片左二为顾祝同）
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