烤烟移栽工序多，技术性强，移栽前要做好打塘、施肥、栽烟用具的准备等工作。漂浮苗与营养袋苗的移栽方法有一定的差异。漂浮苗是采用基质载体漂浮在营养液表面的一种育苗方式，在成苗移栽时根系基本裸露。漂浮育苗的基肥建议采用定位环施或条施，不施塘肥，避免由于烟苗根系附近肥量浓度过大或根系直接接触肥料，造成烧苗或抑制烟苗生长。栽烟时一定要保证移栽质量（移栽质量主要指浇足定根水、无肥害，移栽时根正苗直、覆土适度、烟苗横竖成行等等），特别要注意做好以下几点：
集中移栽统一移栽时间，集中连片，做到在短时期间内完成移栽以保证烟株生长整齐。
适度深打塘打塘应根据当地确定的栽烟株距进行，打塘时要用有标记号的绳子或尺子打塘，做到塘与塘之间的距离一致，使每株烟生长的营养面积和体积基本相同，烟株的生长才能均匀整齐。打塘要较常规打得深些，有利于烟苗深栽，促进烟苗早发快长。
精心取苗和运苗在取苗时要选择大小一致的健壮烟苗，烟苗的根系发达，抗逆性强，成活率高，这只是保证烟株整齐生长的基础。淘汰带病虫的苗和弱苗。
漂浮苗移栽时取苗和运苗比较方便，只要把育苗盘从漂浮池取出放在运输工具中运到烟地就可以移栽。在烟苗的运输过程中要注意用塑料膜遮盖烟苗根部，上面再盖上较厚的遮阳物，防止烈日暴晒，以免烟苗水分蒸发失水过多，造成移栽后难以成活。避免在中午烈日下移栽，以防烟苗失水过多，延长还苗时间；控制好苗龄，适龄移栽。
适当深栽，浇足定根水漂浮苗移栽时应把烟苗茎杆埋入土中5厘米以上进行深栽，这样既可抗旱又可促进不定根生长，栽烟深度以生长点高于土表5～8厘米为宜。盖土后再以半径10厘米左右环绕烟苗浇水一次，每株烟的浇水量应比营养袋苗多一倍。由于漂浮育苗根部所带的介质远少于营养袋苗所带土壤数量，移栽时需水量多于常规苗。移栽时如气候干旱、灌溉条件较差的部分地区，加大移栽前的浇水量。在移栽时可先在烟塘中浇水一次，移栽时趁烟塘中的水还未下渗完时再栽漂浮苗，称之为明水深栽，此法有较好的抗旱效果。漂浮苗移栽后可采用营养土或腐熟厩肥或秸杆盖塘，这既有利于抗旱，也有利于烟苗侧根生长发育。适当深栽，浇足定根水有利于形成庞大的根系，还可促进烟苗在大田早生快发。
查苗补缺及弱苗、小苗偏重管理根据云南省的气候特点，多数烟区的烤烟移栽期还处干季，天气晴朗，温度高，光照强，烤烟抗旱移栽，必须浇水保苗。在移栽后2～7天要进行查苗补缺。进行田间查苗时，发现缺苗的要及时补栽同一品种的预备苗，发现弱苗、小苗应做出标志，做到弱苗、小苗偏重管理，需要对成活后的补苗、弱苗和小苗施偏心肥、浇偏心水，促使其尽快生长，赶上其它烟苗，确保全田烟株大小一致，生长整齐，为适群体、壮个体的形成打好基础。
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