西安交通大学和东南大学两所学校从官方评定的“品牌”来看，差距并不是很大，两家大学都是985工程，世界一流大学建设高校A类，副部级中管高校，都属于国内传统名牌大学。不过，在社会认可度较高的“品牌”中，东南大学就略差一些，毕竟西安交通大学是10月启动的九校联盟成员，而九校联盟就是要比肩英国罗素大学集团、澳大利亚八校联盟等各国的大学联盟。
东南大学和西安交通大学都是在2000年“高校合并潮”中大有作为的院校，只是东南大学合并的院校更多一些，但是实力相对都要更弱一些，只是为了补齐学校自身短板，所以才合并的院校。东南大学合并的南京交通高等专科学校和南京地质学校实力都不强，但是东南大学合并了这两所学校，却大大加强了自身土木工程和交通运输工程的实力，这一点是不争的事实。事实上，东南大学的土木工程和交通运输工程都不属于国家级重点学科。
东南大学，合并的南京铁道医学院实力就更弱了。原来的南京铁道医学院看出身，绝对是非常漂亮的学校，他继承了第六军医学校的衣钵，不过第六军医学校是1954年，由部分留守的第五军医大学教师和三所军医中专学校合并组建而成，学校建校班底实力非常弱，否则怎么可能是一所“军医学校”，也就是中专起步的学校。一直到1958年才升级为“本科”高校，可见学校班底实力极弱。
西安交通大学和东南大学都是工科高校起家，不过西安交通大学合并的院校相对实力要更强一些，而且并不是为了补充学科或专业短板，而是为了补充学校整体不足，所以他合并了西安医科大学和陕西财经学院。总体来看，西安交通大学的实力胜过东南大学一些，这主要是因为，西安交通大学的综合实力更强，学校整体建设更为完善所致。
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