幼苗时期：辣椒幼苗时期发病时，子叶将会从前面变黄，出现水渍状的皱缩，并向上逐步发展，直达幼茎，最终导致幼茎变细，这时整株幼苗就可能折断或者枯死。并且病叶很容易出现干枯的症状，如果周围环境湿度大时就会出现浅灰色霉。成。株时期：成株的茎部发病时，首先会呈水渍状以及不规则形的病斑，然后病斑变灰白色或褐色，一旦病斑绕茎一周时，上部的枝叶就会萎蔫直到枯死。花期：如果花骨朵发病时，花瓣上将会出现褐色或黄褐色的斑点，病斑能够连在一起。造成落花枯死，不能坐果。果期：果实发病时将会从果蒂处开始蔓延，病部果皮会呈现灰白色水渍状的软腐，病斑很快扩展至全果。导致果实腐烂，造成最终的减产。
纹枯病的发生和危害受菌核基数、气象条件、稻田生态、种植密度、水稻抗病性特别是水肥管理等多种因素的影响。
叶片受害多从叶尖开始，初成淡黄褐色病斑，逐渐向上扩展成“V”形病斑。
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