杨梅实生苗的种子，不能是野生种或栽培种，一般从生长健壮的成年树上待果实充分成熟后采收。种子发芽率与种仁充实度密切相关，采种时可先检査采种树果实的种仁是否充实，而选核仁充实度高的母株进行采种。采下后宜选日光不直射的适当场所，将果实摊开堆积，果实高度一般不可超过15厘米，以免堆积发酵时温度过高，致使种仁死亡。这样堆积约4~5天后，果肉腐烂，即可就流水中冲净，并除去上浮的秕子，稍晾干即可贮藏待用。
野生杨梅果实及种子小，每50公斤果实约可采得种子10~15公斤，每公斤种子约有2000粒，发芽率高，可达30%~60%；反之，优良品种果实及种子均大，每50公斤果实仅能采得种子3~3.5公斤，1公斤种子仅约800-1300粒，发芽率低，约20%~30%。
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