一开始麝香猫咖啡被广泛认为是一种以新奇为卖点的产品。美国精品咖啡协会对它的评价并不高，认为他卖的是它的故事而不是它的质量。
而最先把猫屎咖啡引进美国的蒙塔纳斯公司(M.P. Mountanos)指出，当初听到这种体内发酵咖啡，以为是个行业笑话，并未当真，后来在《国家地理杂志》又看到它的特别报导，才对它产生兴趣，之后整整花了七年工夫才找到稳定的供货来源，开始少量引进美国。
随着麝香猫咖啡渐渐走进我们的视线，随之而来对它的争议声也层出不穷，关于人工饲养的残忍，关于假麝香猫咖啡的泛滥，对这些我不做过多评论，我们能做的是提高自身的辨别能力、选择值得信赖的供应商或是去那些有品质的咖啡馆，同时也真心的，真心的希望养殖麝香猫的咖啡商们能够善待它们麝香猫在很多地区都有所分布，但能产出猫屎咖啡的，只有苏门答腊麝香猫也就是我们说的印尼麝香猫。麝香猫的特别之处在于在它的肛门附近有一个腺体，分泌乳白色油脂，这种油脂一直是香水业珍贵的原料，连莎士比亚的剧作《李尔王》中也有这样的对白："请给我一点麝香猫的香油，刺激我的灵感"，但我们知道麝香猫从把咖啡果吃进肚里再到将无法消化的咖啡豆排出体外的整个过程中，咖啡豆并没有跟它的这个香腺有接触，那猫屎咖啡的美味是否真与麝香猫有直接关系呢？
科学家给出的答案是肯定的。根据加拿大研究人员的说法，麝香猫的消化液可以将咖啡豆中的蛋白质分解成非常小的颗粒，而这会加强咖啡在研磨过程中的香味。此外，麝香猫的肠道能过滤掉一些特定的蛋白质，从而减少咖啡的苦味。研究人员表示，咖啡豆经过麝香猫肠胃的过程非常类似于对咖啡进行发酵时的湿加工过程，而在这两个过程中起关键作用的都是乳酸菌从这两种方式可以看出，人工培育与天然的还是有一定区别的。野生麝香猫在挑选咖啡果的时候一定挑最熟最甜的咖啡果食用，这本身就是一种自然筛选，除了食用咖啡果，它也吃昆虫及蛇类、鸟类、两栖爬行类，因此真正野生的麝香猫的粪便，会混杂着各种物质。而人工养殖是把麝香猫养在笼子里，它没有机会吃到其他种类的食物，饿了只有咖啡果和水果吃。
一部关于印尼麝香猫咖啡产区的纪录片记录，工人会将有助排便的药丸放在给猫吃的香蕉里，麝香猫吃了这种加料香蕉就可以定期排便，这样的做法可以让咖啡豆在麝香猫的胃里停留的时间相对一致，也就是让发酵的时间相对一致，听起来好像不太人道，但人工培育的麝香猫咖啡豆在风味的稳定性上还是要远胜于天然的
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