今天是第1205期日报。
Cell子刊：研究人体中的菌群-免疫互作（综述）
Immunity[IF:21.522]
① 肠道细菌产生一系列代谢产物（短链脂肪酸、色胺、次级胆汁酸等）影响宿主免疫系统；② 宿主感知菌群代谢产物的受体广泛分布于免疫细胞在内的多种细胞中；③ 研究人体的菌群-免疫互作有两种主要方式；④ 一种是：通过纵向干预（饮食、抗生素等）以分析菌群及免疫系统的动态变化；⑤ 另一种是：对比不同人群（例如传统vs. 工业化生活方式）的菌群差异，以寻找免疫紊乱相关的分类群；⑥ 最终在动物模型或体外确认上述鉴定出的菌群-免疫互作的机制。
Pursuing Human-Relevant Gut Microbiota-Immune Interactions08-20,doi:10.1016/j.immuni..08.002
【主编评语】肠道菌群与免疫系统的互作对人体健康至关重要，但多数菌群-免疫互作的研究是在动物模型中完成的。来自Immunity上发表的一篇综述文章，详细介绍了在动物实验中发现的一些菌群-免疫互作的机制，并讨论了在人体中研究菌群-免疫互作的方式。（@沈志勋）
Cell子刊：“菌群滋养性免疫”如何塑造菌群（综述）
Immunity[IF:21.522]
① “菌群滋养性免疫”（nourishing immunity）维持宿主体内菌群平衡并抑制病原体；② 菌群滋养性免疫由宿主和菌群两个部分组成：宿主通过多种方式调控菌群的数量、空间结构及组成，菌群通过生态位占领及修饰提供对病原体的定殖抗性；③ 菌群失调可能是菌群滋养性免疫弱化的生物标志物；④ 除了靶向菌群，靶向调控菌群环境的宿主因素（如PPAR-γ信号通路）以调控菌群滋养性免疫也可用于治疗菌群失调；⑤ 病原体可作为研究菌群滋养性免疫的工具。
Microbiota-Nourishing Immunity: A Guide to Understanding Our Microbial Self08-20,doi:10.1016/j.immuni..08.003
【主编评语】来自Immunity上发表的一篇综述文章，详细介绍了“菌群滋养性免疫”（nourishing immunity）的概念，以及在这一概念下的菌群-免疫互作机制。（@沈志勋）
细菌淀粉样蛋白在自身免疫中的作用（综述）
Trends in Microbiology[IF:11.974]
① 细菌感染可能通过分子模拟机制引起自身免疫反应，大多数可引起自身免疫反应的细菌可产生淀粉样蛋白（例如curli）；② 在细菌形成的生物膜中可检测到由多个细菌物种产生的淀粉样蛋白，淀粉样蛋白及DNA在细胞外基质中的整合可增强生物膜的稳定性；③ 淀粉样蛋白/DNA复合物可被免疫系统识别，从而通过TLR2与TLR9触发自身免疫信号通路的活化；④ 生物膜相关细菌的感染是否直接触发了自身免疫疾病发病的发生发展尚需更多研究。
Bacterial Amyloids: The Link between Bacterial Infections and Autoimmunity08-15,doi:10.1016/j.tim..07.002
【主编评语】细菌感染可能触发自身免疫反应的发生，但具体机制尚未明确。Trends in Microbiology上发表的一篇综述文章，详细讨论了细菌产生的淀粉样蛋白及其携带的DNA触发自身免疫反应的可能机制。（@沈志勋）
Nature子刊：肠道IgA在糖代谢调节中的重要作用
Nature Communications[IF:11.878]
① 高脂饮食喂养小鼠的肠道IgA+ B细胞及分泌型IgA均显着减少；② 高脂饮食显着改变了多种调节IgA的免疫调节因子，例如：降低小鼠结肠中的视黄醛脱氢酶1表达，后者促进视黄酸合成以影响IgA产生；③ IgA缺失恶化了高脂饮食引起的糖代谢失调，并加剧了高脂饮食诱发的肠道及内脏脂肪组织炎症，可能由IgA缺失引起的肠道菌群变化所介导；④ 二甲双胍抑制了高脂饮食诱导的小鼠IgA+ B细胞及浆细胞的减少；⑤ 减肥手术增加肥胖患者粪便中的分泌型IgA水平。
Gut-associated IgA immune cells regulate obesity-related insulin resistance08-13,doi:10.1038/s41467-019-11370-y
【主编评语】Nature Communications上发表的一项最新研究，发现肠道IgA在糖代谢中发挥了关键作用：高脂饮食减少了小鼠肠道中的IgA+ B细胞及分泌型IgA，从而引起肠道菌群失调，以加剧肠道与脂肪组织的炎症，并恶化肥胖相关的胰岛素抵抗。另外，不同的降糖手段均可提升肠道IgA水平。（@沈志勋）
一种具有肠道免疫功能的三维肠道模型
Biomaterials[IF:10.273]
① 搭建人体肠道三维模型，与人体肠道具有相似的显微解剖结构；② 该模型中含有肠道驻留性先天性免疫细胞，这些免疫细胞表现出粘膜巨噬细胞及树突细胞的特征；③ 该模型表现出了肠道内腔对菌群相关分子模式的免疫耐受，因此活性微生物可在其中定殖；④ 在该模型中对益生菌——鼠李糖乳杆菌与条件致病菌——白色念珠菌之间的互作进行研究，发现鼠李糖乳杆菌的提前定殖可降低白色念珠菌引起的组织损伤，减少后者的易位并降低真菌负荷。
A three-dimensional immunocompetent intestine-on-chip model as in vitro platform for functional and microbial interaction studies08-02,doi:10.1016/j.biomaterials..119396
【主编评语】来自Biomaterials上发表的一项最新研究，搭建了一种体外三维肠道芯片模型，该模型中具有部分肠道免疫功能，可用于研究肠道菌群与肠道免疫的互作。（@沈志勋）
中科院徐健团队：基于皮肤菌群的特应性皮炎诊断及疗效评估
mSystems[IF:6.519]
① 纳入来自北京、青岛及美国的116名特应性皮炎（AD）患儿及73名健康儿童，分析对比皮肤菌群的差异；② 基于25个皮肤细菌属，能够以86.4%的准确率诊断出AD患儿（AUC=0.90）；③ AD患儿的非病变皮肤处的菌群组成与病变皮肤处相似，且与健康儿童的皮肤菌群不同，以金黄色葡萄球菌的富集为特征；④ 利用基于菌群的皮肤健康指数（MiSH），可将症状相同的AD患儿分为2组，2组之间的菌群多样性及治疗效果不同。
A Microbiome-Based Index for Assessing Skin Health and Treatment Effects for Atopic Dermatitis in Children08-20,doi:10.1128/mSystems.00293-19
【主编评语】来自中国科学院青岛生物能源与过程研究所的徐健团队在mSystems上发表的一项最新研究，鉴定出了特应性皮炎患儿的皮肤菌群组成特征，并发现皮肤菌群影响了对特应性皮炎的治疗效果。（@沈志勋）
室内菌群与儿童哮喘风险相关
Journal of Allergy and Clinical Immunology[IF:14.11]
① 纳入373名儿童，在2月龄时收集住宅中的灰尘样本，跟踪随访至10.5岁；② 室内菌群的丰富度与哮喘呈负相关，哮喘患儿的住宅室内菌群组成与非哮喘患儿有显着差异；③ 乳球菌属的丰度与哮喘呈正相关，而12个菌属（主要来自于放线菌目）的丰度与哮喘呈负相关；④ 12个与哮喘呈负相关的菌属的丰度之和与哮喘呈显着负相关，并可大部分地解释室内菌群丰富度与哮喘的关联。
Indoor Bacterial Microbiota and the Development of Asthma by 10.5 years of age08-12,doi:10.1016/j.jaci..07.035
【主编评语】Journal of Allergy and Clinical Immunology上发表的一项前瞻性队列研究结果，在对近400名儿童随访后发现，儿童住宅的室内菌群组成及丰富度与哮喘风险显着相关。（@沈志勋）
Nature Reviews：通过多组学研究发现IBD的生物标志物
Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology[IF:23.57]
① 将多组学数据与患者的病史和临床数据等结合，可深入模拟菌群功能、宿主特征和疾病，为探究IBD的病因提供可能性；② 一项长达1年的跟踪研究发现，个体差异可掩盖疾病表型，因此将IBD患者进行分类很难，但仍可得出已知的IBD菌群和代谢物特征；③ 对肠道微环境的网络分析发现，网络中心包括特定菌群（如罗斯氏菌和大肠杆菌等）和代谢物（如SCFA、肉碱和部分脂类）；④ 分析菌群与宿主的功能性代谢产物的人源化小鼠可作为验证手段。
Multi-omics in IBD biomarker discovery: the missing links07-16,doi:10.1038/s41575-019-0188-9
【主编评语】Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology上发表的一篇News&View，介绍了Nature最新发表的一项研究：Multi-omics of the gut microbial ecosystem in inflammatory bowel disease，该研究通过多组学分析鉴定出了多种IBD的潜在生物标志物。（@沈志勋）
感谢本期日报的创作者：沈志勋，陈绮翎
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