R语言临床预测模型的评价指标与验证指标:净重新分类指数(NRI)
净重新分类指数(Net Reclassification Improvement,NRI)是一种用于评估临床预测模型性能的指标。它可以衡量通过使用新的预测模型重新分类的患者中,正确分类的比例的变化。NRI在评估新的预测模型是否改善了对患者分类的准确性方面非常有用。
NRI的计算方法涉及到对观察到的实际事件和预测事件之间的重新分类情况进行比较。通常,NRI通过将患者根据其预测概率划分为不同的风险类别来进行计算。这些风险类别可以是低风险、中等风险和高风险,或者根据具体的研究和预测模型而定。
以下是使用R语言计算净重新分类指数(NRI)的示例代码:
# 导入必要的包library(pROC)# 假设有两个预测模型的预测概率# 模型1的预测概率model1_prob <- c(0.2, 0.4, 0.6, 0.8, 0.3)# 模型2的预测概率model2_prob <- c(0.3, 0.5, 0.7, 0.9, 0.2)# 实际事件的状态actual_event <- c(0, 1, 1, 0, 1)# 使用pROC包计算NRInri <- pROC::rocNRI(model1_prob, model2_prob, actual_event)# 输出NRI结果nri$NRInri$p.value
在上述代码中,我们使用了pROC
包中的rocNRI
函数来计算NRI。首先,我们定义了两个预测模型的预测概率(model1_prob
和model2_prob
)。然后,我们定义了实际事件的状态(actual_event
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