Tassel 是比较经典的关联分析软件，但是因为运行速度没有优势，所以在重测序等数据量比较大的研究中不太常用。这是记录一下Tassel5 命令行进行关联分析的过程。
参考：
Tassel5：/tasseladmin/tassel-5-source/wiki/Home
MLM：/tasseladmin/tassel-5-source/wiki/UserManual/MLM/MLM
1. 计算kinship
run_pipeline.pl -plink -ped snp.ped -map snp.map -KinshipPlugin -method Centered_IBS -endPlugin -export kinship.txt -exportType SqrMatrix
2. MLM 模型关联分析
tassel.sh
# 表型文件P=all_pheno.txt# 群体结构矩阵Q=Q3.txt# kinship 矩阵K=kinship.txtrun_pipeline.pl \-Xms1g -Xmx10g\-fork1 -plink -ped snp.ped -map snp.map -FilterSiteBuilderPlugin -siteMinAlleleFreq 0.05 -endPlugin \-fork2 -importGuess $P \-fork3 -importGuess $Q -excludeLastTrait \-fork4 -importGuess $K \-combine5 -input1 -input2 -input3 -intersect \-combine6 -input5 -input4 -mlm -mlmVarCompEst P3D -mlmCompressionLevel Optimum \-export result
基因型文件格式：tassel可接受多种基因型文件格式，如plink，vcf，hapmap等表型文件和群体结构矩阵的格式可以参照示例文件；群体结构可用 Admixture、fastStructure等软件计算
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