1.一般贮藏：利用土窖、通风贮藏库、地下室、防空洞等阴凉场所，可在夏秋季节获得较低温度。把番茄装在浅筐或木箱中平放于地面，或将果实堆放在菜架上，每层架放2～3层果。要经常检查，随时挑出己完熟果或不宜继续贮藏的果实。此法可贮20～30天，作为调剂市场余缺和处理落园果的措施是适宜的。
2.气调贮藏：当温度较高或需长期贮藏时，特别是对于高质量果实，宜采用气调贮藏。
番茄气调垛的容量多为750-1000公斤，也可达2000公斤。由于番茄自然完熟速度很快，因此用快速降氧法。采用薄膜封闭番茄，垛内温度很高，易感病。须设法降低温度，可用无水氯化钙或硅胶作吸湿剂，用防腐剂抑制病菌活动，目前较为普遍应用的是氯气，每2-3天施用一次，每次用量约为垛内空气体积的0.2%，但氯气有毒，使用不方便，过量时产生药害。北京等地试用0.5%的过氧乙酸，置盘中放在垛内，效果与氯气相仿。上海用漂白粉代替氯气，在1000公斤的帐内每月施用0.5公斤，有效期约10天。
番茄气调贮藏时期，一般为1.5-2个月，不必太长。这样即能“以旺补淡”，又能得到较好的品质，损耗也小。贮期小于45天，贮藏中不必开帐检查，入贮时对果实须经严格挑选。
3.亚硫酸、石灰水溶液浸泡贮藏：将6%亚硫酸配成0.3%的水溶液，再用饱和石灰水的澄清液调至PH4.5.5，将全红番茄浸至该液中，用清洁木板等物压住果实，防止露出液面，使浸泡液高出果实2-3厘米，然后密封容器，置于低温处。据大同市蔬菜公司等单位试用此法贮存113天，好果率达95％以上，果实硬度与鲜果相近，但不能生食，须加热熟食方能除其硫味。
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