平菇生产的各个环节，都有可能遭受杂菌污染，必须及时防治。常见的杂菌主要有以下几种：
(1)细菌多数发生在母种斜面上，原种、栽培种危害都比较轻。细菌污染的特点是繁殖快，一般接种后10～24小时就能表现出来。防治方法：一是接种工具一定要酒精擦和用火焰灭菌。二是培养基灭菌要按照规定进行。
(2)青霉和木霉青霉菌危害常见于原种和栽培种。侵入后很快萌发长成菌丝，覆盖在培养基表面。木霉菌发生在子实体形成期。这两种杂菌出现时，应及时把它挖除。
(3)链孢霉在夏季高温季节，最容易发生链孢霉，并产生大量橘红色粉状孢子。为链孢霉污染的菌种，要及时淘汰；瓶子要彻底清洗，并用0.05％高锰酸钾水浸泡，或经蒸煮灭菌后方可使用。
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