集美大学和厦门大学虽然都位于福建省厦门市，但是两所学校的主管单位并不相同，集美大学是福建省管理的高校；而厦门大学则是教育部主管的高校，而且厦门大学是副部级高校，相对来讲要比集美大学的办学环境更好一些，相关扶植政策和项目引进，也要更多一些，自然实力也要强得多了。
集美大学虽然是由五所学校合并组建而成，但是真正主导学校是原厦门水产学院，这所学校虽然是1972年才成立的高校，但是他的身份非常特殊。他是由上海海洋大学搬迁到集美之后，联合本地学校共同组建的学校，虽然1979年上海海洋大学主力搬迁回上海市，但是部分师生和设备依旧得以保留，从而形成厦门水产学院，隶属于当时的农业部，是农业部四所直属水产高校之一，在水产方面实力较强。目前水产依旧是集美大学的主力优势所在。
集美大学合并五所学校中，第二个优势学校是原福建体育学院。虽然这所学校创建于1958年，而且是专科起步的高校，但是四年之后就停办了，不过教学设施得以保留，就是这个原因，在1974年又复建了福建体育学院。正是因为福建体育学院的加入，使得集美大学在体育学方面实力也比较突出，成为学校立校的“法宝”。
集美大学虽然是五校合并而成，但整体实力并不强，即使在福建省排名也相对较低，只是比刚入门的“大学”要强一些，因此根本不可能同厦门大学相提并论。厦门大学是一所拥有百年历史的名校，而且是985工程，世界一流大学A类建设高校，在海洋科学方面实力极为突出，仅次于中国海洋大学的高校，属于海洋科学第一阵营高校。
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