芹菜菌核病可危害叶片、叶柄和茎。一般叶片首先发病，呈暗色污斑，潮湿时表面密生白色霉层。然后向下蔓延引起叶柄和茎发病。受害部位呈褐色水渍状，速度大时形成软腐，表面长出白色菌丝，最后茎组织腐烂呈纤维状茎内中空，形成鼠粪状黑色菌核。当前，已进入秋季，昼夜温差大，有利于该病发生，一定要引起高度注意，做到早发现，早防治，减轻损失。
发病规律子囊孢子借风雨传播，侵染生活力衰弱的老叶，带病的叶片与健壮叶、茎接触可使菌丝蔓延传播。高温高湿和化肥，有利于该病的发生和流行。芹菜连茬或与易发生菌核病的十字花科蔬菜连茬容易发病。雨季排水不良，偏施氮肥发病重。
防治方法
(1)无病株采种种子用10%盐水选种，清除菌核，再用清水洗几次备用。
(2)加强、栽培管理子囊盘出土盛期进行深中耕，切断子囊盘。棚室保护地夏季高温季节，深翻、覆膜、灌水、闭棚室升温，杀死菌核。勤松土，及时摘除下部老叶、病叶，生长期覆盖地膜。
(3)农药防治选用多菌灵可湿性粉剂500倍液，或50%速克灵2000倍液，或用70%甲基托布津可湿性粉剂600倍液喷雾，亩喷药液50公斤，棚室可用10%速克灵烟剂或10%灭克粉尘剂。
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