植株的茎基部先出现症状，呈现褐色，水浸状病斑。随着病情的加重，芹菜的长势会逐渐变弱，表皮失去光泽。遇到潮湿的环境，病斑部位或者是芹菜茎基部往上会出现棉絮状、灰白色的菌丝体，以及黑色坚硬的菌核体。这数属于病菌的一种休眠体，用来越冬繁殖。芹菜整株感染菌核病后期，会逐渐枯死腐烂，腐烂部位同样会出现黑色颗粒菌核。
幼苗茎基部呈水渍状腐烂，可引起猝倒。成株受害多在近地面的茎部、叶柄和叶片上发生水渍状淡褐色病斑，边缘不明显，常引起叶球或茎基部腐烂。
芹菜核菌苗期和成熟期均可发生，株叶，茎杆生长发凉。
为害芹菜叶、叶柄和茎。常先在叶片上发生,形成暗色的病斑，潮湿时病部表面生白色霉层，后向下蔓延，引起叶柄和茎发病。病处初为褐色水溃状，后形成湿腐，造成全株溃烂，表面生浓密的白霉，最后形成黑色鼠粪状菌核。
芹菜菌核病表现为叶片、叶柄和短缩茎，从茎基部开始发生。
芹菜全生育期均可发病，危害芹菜茎和叶柄。从茎或叶柄基部开始出现褐色水渍状软腐，湿度大时病部生有棉絮状白色菌丝，病组织逐渐腐烂，无异味，后期形成黑色鼠粪状菌核。棚内低温、通风不良、湿度大、种植过密都易于发病。芹菜全生育期均可发病，危害芹菜茎和叶柄。从茎或叶柄基部开始出现褐色水渍状软腐，湿度大时病部生有棉絮状白色菌丝，病组织逐渐腐烂，无异味，后期形成黑色鼠粪状菌核。棚内低温、通风不良、湿度大、种植过密都易于发病。
菌核病是芹菜生产中的一种重要病害，主要为害芹菜的叶片、叶柄和短缩茎。菌核病多从芹菜的茎基部开始发生，受害部位先是产生褐色水渍状病斑，随后向上部蔓延。湿度大时病部软腐，表面有白色菌丝，后形成鼠粪状黑色菌核。病株叶色淡黄，萎蔫下垂，最后整株腐烂、枯死。
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