湿度大的条件下容易发生，用多菌灵可以防治。
连作地块，地势低洼，排水不良，大水漫灌，密度过大，偏施氮肥，早春低温，初冬寒流多雾，梅雨季节多雨或遭遇连续阴雨天气都可能加重油菜菌核病的发生。实行轮作或用太阳进行高温土壤消毒。种油菜前，对有病的地块要进行深翻处理，使菌核深埋土中不能萌发出土。进行中耕，及时铲除子嚢盘，带出田外深埋或烧毁。合理密植，不要太稠影响通风，将低湿度，减轻发病。发病初期用嘧霉胺、异菌脲等药剂喷雾防治。
土壤肥力较低、种植密度大，通风透光条件差湿度大易感病。油菜花期是最易感病期，也是防治油菜菌核病的关键时期。一般喷药2次，掌握在初花期用药，常用药剂：40%五氯硝基苯可湿性粉剂有效成分2625克/公顷，兑水150～300千克，于发病初期拌土撒施根部附近。需要注意的是，油菜菌核病病菌已普遍对多菌灵类药剂产生了抗性，使用菌核净、腐霉利、使百克、万霉灵（乙霉威）、敌力脱（丙环唑）单剂及其复配剂等效果较好，同时也应选用早熟、抗病、优质高产的油菜品种。
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