桑椹菌核病防治坚持“预防为主，综合防治”的方针，将病害防治和农产品质量安全放在同等重要位置，以农业防治和物理防治为基础，正确使用化学防治，重点做好以下工作：
一、中耕清园，深埋菌核
2月底以前，对果桑园土壤进行一次翻耕，翻耕深度10cm以上，掩埋地表菌核，控制菌核萌发出土，同时挖好厢沟、围沟。结合土壤翻耕进行施肥、除草，清除枯枝败叶及套种作物，施有机肥为主，每亩1000-2000kg。
二、覆盖地膜，分离病原
在3月初桑芽脱苞前，选用塑料薄膜或可降解地膜对果桑园及其四周进行地膜全覆盖，切断子囊孢子传播途径。若没有进行地膜覆盖，则从3月中旬开始，巡查果桑园是否出现桑椹菌核病子实体。一旦发现子实体，立即喷洒95%草甘膦可湿性粉剂500-600倍液，杀灭春季萌发的子实体和子囊孢子。
三、喷施药物，防止传染
桑树花期开始定期巡查果桑园，以桑树开花和地面菌核萌发产生子实体的实际情况确定第一次用药时间（即开花10%左右，大约在3月上、中旬，具体时间因区域而异），建议使用70%甲基托布津可湿性粉剂1000倍液或50%多菌灵可湿性粉剂800倍液喷施。大约7天后进行第二次用药，建议使用50%腐霉利（速克灵）可湿性粉剂1500倍液喷施。如果上年菌核病发生较重，或者没有进行地膜覆盖的果桑园，可在7天后进行第三次用药（3月下旬至4月初），使用药物同第一次。
药物防治中，要选购正规厂商农药（如日本日友商社有限公司、江苏龙灯化学有限公司生产的甲基托布津，苏州通净植保科技有限公司、四川国光农化股份有限公司生产的多菌灵，日本住友化学株式会社生产的腐霉利），不使用过期农药，严格按照标准配药（不可超浓度）。在阴晴天多果桑枝干、花芽、土壤、沟渠、桑园道路进行全面喷施，推荐使用射程远、效率高的汽油机高压喷雾器。
3月中、下旬若发现有桑椹浆瘿蚊发生，可在化学防治时将吡虫啉加入杀菌剂中混合喷施，使用浓度为5%吡虫啉可湿性粉剂1000倍液或10%吡虫啉可湿性粉剂2000倍液。
四、收集病果，减少扩散
采果过程中，顺带摘除病果，收集落地病果。桑果收获结束后，集中异地深埋或烧毁，减少病原传播。
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