西红柿茎基腐病是土传病害，在大苗期及初果期发生。
对于茎基腐病，菜农在西红柿定植时，先使用95%恶霉灵5000倍液进行蘸根，防止病菌的侵染。同时不要过早地覆盖地膜，防止棚内温度较高时，地膜阻挡水分蒸发，地面湿度大，引起茎基腐病的大量发生。在覆盖地膜前，每次浇水后都要及时划锄，降低地面湿度，抑制病害的发生。当西红柿大苗侵染病菌后，菜农可以使用20%甲基立枯磷或30%苯噻氰1200倍液进行喷雾防治，对于发病严重的植株，菜农还可使用78%科博可湿性粉剂200倍液涂抹病部。
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