在诊断猪日本乙型脑炎时，应注意与引起母猪繁殖障碍的细小病毒病、伪狂犬病、猪繁殖与呼吸综合征、猪弓形体病、布鲁菌病、李氏杆菌病等引起的流产相区别；将猪流行性乙型脑炎引起的其他症状与猪脑脊髓炎、猪链球菌病（神经型）引起的病猪精神沉郁、运动失调、痉挛等神经症状相区别。本病易与布鲁菌病混淆，但布鲁菌病无明显季节性，体温不高，流产主要是死胎，很少木乃伊胎，而且没有非化脓性脑炎变化，公猪有睾丸肿，但多为两侧性，且是化脓性炎症，副睾也肿，还可有关节炎、淋巴结脓肿等与本病不同。
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