材料与方法是医学论文中的重要组成部分，是判断论文中的科研成果是否具有客观性和可重复性的重要依据。在实际工作中，医刊汇编译发现医学论文中这部分写作存在不少问题，欠缺规范化要求，甚至于严重地影响了论文的质量。具体主要包括以下几个方面：
一、临床资料表述不完善。对临床患者的分组没有遵循随机对照的原则。例如：作者在文中常常写道“将患者随机分为治疗组和对照组”，而没有说明是如何“随机”分组的，遵循何种原则，甚至可能是“随意”的分组，而在此时是所有临床研究设计的关键一步。如果没有正确地按照随机对照原则分组，导致组间均衡性差，有可能使整个临床研究的结果不可靠，结论不能成立。
二、缺乏临床患者的随访资料。在临床研究性论文中对患者的随访资料具有重要意义。对于药物疗效的分析、手术效果的判断、观察并发症的发生情况、统计癌症患者的生存期等是非常必要的。否则，整篇论文的立论和依据会大打折扣，甚至说明不了什么问题。而不少临床研究性论文中却缺乏有关资料的叙述，因此而被退稿。
三、有关资料的表述不符合统计学原则。在描述临床患者年龄和随访时间时常常用“平均年龄和平均随访时间”，而这种资料往往是属于非正态性分布的计量资料，需要用中位数来表达才是正确的。但由于许多作者对统计学上的中位数概念不清楚，因此，在实际工作中对此不会运用。
四、实验步骤描述的过于繁琐或简单。对实验步骤描述过于繁琐的情况常常见于初学者文章。他们往往不了解科技期刊对稿件的要求，在方法部分详尽地描述了整个实验过程中所采用的各种方法的每一个步骤，包括每种 试剂各种浓度的配制等，使整篇文章繁琐、累赘，不符合科技期刊文章写作的精炼原则。有的作者对实验过程的描述则过于简单，在采用某种试剂盒进行实验时，作者仅写道“具体操作步骤详见试剂盒内说明书”，无更多的说明，简单得让读者不知其所云。
五、动物实验资料交代的不完整。在动物实验中对所用的动物应详细说明其来源、雌雄、年龄、体重、种系、喂养环境情况，而在许多论文中这方面的资料欠完整，特别是对喂养环境方面很少有交代。
六、统计学分析方面表述不规范。常见作者在文中描述用SPSS软件某某版本对实验数据进行统计学分析，而对采用何种具体的统计学分析方法却只字不提，这是本末倒置的做法。作者采用统计学计算机软件进行操作并不能说明能够正确地运用某种统计学方法对自己的资料进行分析。审稿专家和读者正是需要从具体的统计学方法中判断作者是否正确地运用了统计学知识对其研究数据进行了处理。
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