今寺坐西朝东，内分三进，规模宏伟，为开封市四大寺观之一，东大寺原大门对面耸立大型照壁一座。今已不存。照壁后面的街道（东西向），旧名“清真前街”，大门前临街道（南北向），旧名“清真街”，均见乾隆四年（1739年）《祥符县志》的“县城图”。大门5间、三明两暗，朱门碧瓦，两侧两底角门，南北两道山墙，门前大石狮一对。
大门正中门相下四根方木顶端镌有“护国清真”四字，其上方曾悬挂蓝底黄字走龙边的“敕建清真寺”匾额，今悬挂穆青题写的贴金“东大寺”匾额。南边大门门楣下四根方木顶端镌有“终始无歧”四字，北边大门门下四方木顶端镌有“大道生辉”四字。
大门正脊顶上，矗立一座精工烧制的“七孔仙桥”，又名“一桥三亭”，俗称“七孔桥”的宝瓶，本为稀世珍品，可惜“文革”中被毁，现复制一座重叠脊顶，整座大门雕梁画栋，彩绘一新。气势肃穆威严。二门外是“经书义塾”。民国初年改为“明德小学”，现为东大寺武术馆。二门三间，清同治十三年（1874年）重修。现门正中上悬“回族东大寺”匾额，门内侧西悬大匾三方：中间是“大道之源”，两侧分别是“在明明 德”、“明德之源”、二门两侧是南北走廊，北边走廊内自北向南排列碑碣几座，
均为双面雕刻，有明洪武年间雕 刻的阿文“古兰经”碑，明万历十四年（1586年）仲春刻的“古制连班永遵碑”，清初刻的“古制连班序碑”，清康熙二十八年（1689年）刻的“重建清真寺碑记”和清乾隆四十七年（1782年）的“具甘结”碑等。其它碑10余块毁于“文革”期间． 二门内为宽敞整洁的庭院，中间原建有望月楼。
两旁为南北讲堂和水房，附有武学屋和经学堂，均为出厦游廊，红漆明柱。水房门楣悬有“扭身浴德”字样大匾，今备有淋浴设备。庭院西端是主体建筑：卷棚、二殿和大殿、殿前有宽阔的月台，卷棚下大殿前5间门的上方各悬有3块大匾，共有15面，多为着名经师所写的阿拉伯文匾，汉文匾多是清末重臣显贵所题赠，如醉亲王，牛鉴等，匾文为：“西域呈教”、“大道之源”等。大殿为硬山顶，覆碧色琉璃瓦，高约10余米，深40余米，宽20米，建筑面积732平方米，大殿和二殿脊各矗立一高大宝瓶。
二殿宝瓶早年已被盗。段两侧有高大耳房。大殿内采光充足，宽敞明亮。殿内曾悬挂各式宫灯，今改为数十盏电棒照明。地板上铺有红绿相间的两色地毯，典雅洁静5正西面窑殿雕筑小门的上方及赛殿内雕有精致的椎体经文对联，小门两旁也雕有椎体经文对联。殿内和卷棚内除红漆明柱，花卉图案画栋及殿 内西北角的“敏拜尔”外，再无其他装饰物品，呈现出清真寺素雅朴实的风格。大殿左右各有配殿3间，北面的配殿是伊玛目住室和会客议事场所，南配殿为教长住室和阿訇开学讲经处。殿后即第三进院，原由清真女学，养正小学和详井院三部分组成，有房间45间，后被市树脂厂全部占用30余年，通过落实“宗教团体房产”政策，于1990年归还寺内，有待于改造开发利用。
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