两者作品年代只相差一代，但区别却非常大：98的人物是历代人物的交集，人物招式比较平衡，BUG较少，判定经过修正，98游戏速度较任何一代都要好。
玩97的人比98多，高手也比98多，玩的人之所以多，在于招式指令的模糊（指令优化），容易上手，指令投更容易抓到别人，利用游戏BUG连招。但97BUG过多，人物实力不平衡，部分招式判定过强，以至于97的角色有“五强”说法和“裸杀”说法。现在ARC97比赛的规定大多数是一些“逗比”规则，就是97的太多BUG造成的。
98的BUG比97少很多，人物实力平衡性比97好，大部分人物攻击力下调，招式判定变弱。98对玩家的手法要求更高了！98的指令要求精确，不像97的简化指令。如八神的八稚女指令为：↓↘→↘↓↙←+A或C,其实在97被简化成↓↘←+A或C，但在98你必须完整准确输入指令。在98没有“裸杀”这个概念，这点必须强调！什么是裸杀？裸杀就是没有进行连续技的情况下，直接使用超杀。那很多97玩家就觉得奇怪，为什么97不允许裸杀，98却允许？因为裸杀的判定在98太弱了，伤血量也少，随便跳一下，打一拳或踢一脚就能破招，不信的话，你可以找个水平一般的98玩家试试，你裸杀一旦失误，结局就是对面的一套狠连。
在指令投方面，98也做得不错！指令投抓空会出现失败动作，造成收招硬直。再也不像97一样无责任的指令投，随随便便就能抓了。而且像JCJD，5ABCD在98也接不上指令投。关于98的BUG很少，规则也比97少得很，除了大门的BUG震，EX模式下草薙京的无限奈落落，不知火舞的无限连，其他全都允许使用。
介绍完拳皇97和98的区别，大家再来说说拳皇97和98的草薙京
拳皇这款游戏中虽然主角是草薙京与八神，但是这两个角色在游戏对战中判断却有着天壤之别，尤其是97版本中的草薙京，同样的实力下八神对战草薙京有着绝对的优势。
举个栗子：宇宙草薙京玩家大口这位很少去用草薙京去打97，一向喜欢使用草薙京大口在拳皇97中只能沦为二线职业选手，97这个版本中五强人物都能随便吊打草薙京。
为了照顾男一号主角的颜面，之后在98的版本中对草薙京的判定与收招做了一些加强，加强后的草薙京仍然不是五强中的一个，但是却有着与五强角色对战的能力。
巅峰草薙京
版本中的草薙京在收招与连段上做出了一些改进，草薙京的荒咬是所有角色中收招最慢的，但是在版本中草薙京一套荒咬下去对方几乎抓不到反打的机会，除非在草薙京刚出荒咬第二式的时候使用裸杀杀或者高判定的技能，否则很难打反手，在这个版本中小boss是里草薙京，草薙京几乎成为了版本中的主角。
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