甜酒生产过程中，是一种开放式操作。在这样的操作环境中，不可避免地会接触到许多其他杂菌，主要是乳酸杆菌。
1、乳酸菌是由糖产生乳酸的厌氧菌。乳酸杆菌和酵母呈拮抗生长。当大量乳酸杆菌生长产生乳酸时，醪液的pH值降低，使酵母菌凝聚变性，最终导致酵母菌死亡。
2、醋酸菌也是主要污染源。将酒精氧化成醋酸。
3、除上述操作不慎感染杂菌外，米未充分蒸熟，淀粉糊化度低，不利于根霉生长，影响糖化步骤，直接后果是发酵不甜。同时，也可能滋生一些能直接分解淀粉的杂菌。
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