叽叽呱呱~许个愿望吧
我接触生信已经七个多月了，可是我还是看不懂文献，希望我能进步多多！
1.在Ubuntu中安装bwa库
1）首先通过
git clone /lh3/bwa.git
语句直接安装。这里需要注意的是安装路径，默认安装在/home/用户名。（比如我的是： E:\ubuntu\rootfs\home\yujiee）
2）然后
cd bwa
3）
make
去编译bwa文件，使其成为一个可执行的文件。如果编译成功，输入bwa会有其version command等等具体信息。
像这样：
4）关于编译过程出现的一些问题汇总。（出错的顺序可能不太一样，出现什么错误去百度就好了，出错的原因主要是一些依赖包没有装上）
①最好在 /etc/apt/sources.list 里面装上国内镜像。国内镜像网址：Ubuntu服务器配置镜像源_靖哥哥吃糖的博客-CSDN博客_ubuntu镜像源配置全部复制粘贴到sources.list里面。
②有些文件可能没有权限访问。可以试试 sudo chmod -R 777 文件夹名
③关于make: gcc: Command not found这个错误，是因为没有装上gcc。可以试试
sudo apt-get install build-essential
④关于 utils.c:33:10: fatal error: zlib.h: No such file or directory 这个错误，是没有装上依赖包。可以试试
sudo apt-get install zlib1g-dev
2.在Ubuntu中安装samtools
1）首先在 SAM tools - Browse /samtools at 下载安装包，这里我使用的是 samtools-1.15.1版本。
2）然后解压至目标路径位置。
3）
cd samtools-1.15.1
less INSTALL #可以查看文件说明和安装方法
./configure
make
4）如果编译成功，输入samtools会有其version command等等具体信息。
像这样：
5）关于安装过程中出现的一些问题汇总。
①关于 bam_tview_curses.c:42:10: fatal error: curses.h: No such file or directory 这个错误
可以试试：
sudo apt-get install libncurses5-dev
②关于 hts.c:46:10: fatal error: lzma.h: No such file or directory 这个错误
可以试试：
sudo apt-get install zlib1g-dev
sudo apt-get install liblzma-dev
③关于 cram/cram_io.c:53:10: fatal error: bzlib.h: No such file or directory 这个错误
可以试试：
sudo apt install libboost-all-dev
sudo apt-get install libbz2-dev
④关于 E: dpkg was interrupted, you must manually run 'sudo dpkg --configure -a' to correct the problem. 这个错误，是因为在安装libboost时电脑卡住了，所以我stop了前面的命令，想要重新运行，结果出现了这个错误。解决方法就是删掉已安装的文件，重装。
删除命令：
sudo rm /var/lib/dpkg/info/libboost*
sudo rm /var/lib/dpkg/info/libbz2*
重新安装命令：
sudo apt-get install libboost-all-dev --reinstall
sudo dpkg --configure -a
sudo apt install libboost-all-dev
sudo apt-get install libbz2-dev
⑤关于 hfile_libcurl.c:47:10: fatal error: curl/curl.h: No such file or directory 这个错误
可以试试：
sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev
参考文章：
BWA使用详解 - 简书
解决 Boost安装：fatal error: bzlib.h: No such file or directory 问题 - 码上快乐
Ubuntu错误提示 E: Could not open lock file /var/lib/dpkg/lock-frontend - open_凌盛羽的博客-CSDN博客
错误fatal error: curl/curl.h: No such file or directory解决方案_jndingxin的博客-CSDN博客
安装bedtools报错 cram/cram_io.c:57:10: fatal error: bzlib.h: No such file or directory - 小鲨鱼 - 博客园
dpkg: unrecoverable fatal error, aborting: files list file for package 'libselinux1:armhf'_wuyoulv的博客-CSDN博客
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