本文章ubuntu环境下安装:

流程：

fastq格式处理==》sam格式比对结果==》bam格式（二进制sam）

1、fastqc 基因测序reads质量检测

sudo apt-get install fastqc##或conda形式安装：conda install -c bioconda fastqc

查看安装：

fastqc --version

2、hisat2 序列比对

sudo apt-get install hisat2

查看安装：

hisat2 --version

其他比对软件bowtie2、bwa

sudo apt-get install bowtie2 sudo apt-get install bwa

3、samtools

高通量测序数据处理，sam、bam格式

sudo apt-get install samtools

使用：

# -@：线程# -b：输出格式为BAM# -S：自动检测输入格式# -o：输出文件samtools view -@ 16 -b -S final.sam -o final.bam

4、GATK docker安装

GATK是Genome Analysis ToolKit 的缩写，是一款从高通量测序数据中分析变异信息的软件，是目前最主流的snp calling 软件之一

/hc/en-us ##官网

/hc/en-us/articles/360035889991–How-to-Run-GATK-in-a-Docker-container ## docker安装 教程

docker pull broadinstitute/gatk ##大小1个多G## 运行docker run -it broadinstitute/gatk ##进入容器里或docker run -v ~/my_project:/gatk/my_data -it broadinstitute/gatk ##这是挂载本机文件夹进入容器方式

查看：

./gatk --list

WDL与GATK

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