使用KAAS做KEGG注释
标签： KEGG， RNAseq， bioinformatics
什么是KEGG
中文名: 京都基因与基因组百科全书
外文名: koyto Encyclopedia of Genes and Genomes
简介
准备工作
蛋白质序列 cottonFGD提供各个棉种的protein sequence
自己的邮箱
步骤
对于已知基因组的物种进行全基因组的KEGG注释选择Complete or Draft Genome选项中的KAAS job request(BBH-method).BBH-method表示bi-directional best hit,双向的匹配，准确率更高。
KAAS主页
比对方法有三种：BLAST，GHOSTX，GHOSTZ，各有各的优缺点，其中BLAST结果更加准确，但是好像对输入的数据大小有要求，如果条目太多返回邮件会提示删减条目，可以输入的数据可以是核酸序列也可以是蛋白序列。在query name地方可以自己命名这次注释工作。 然后填写自己的邮箱
方法选择及数据输入
GENES data set这个项目中存在预设的参考物种信息，可以发现其中提供的各个门类，物种的多样性特别高，有动物，植物，微生物的，如果我们直接用默认的物种进行注释，可以得到很全面的注释，但是在后来做enrichment的时候会发现很多会富集到疾病等代谢通路上，在植物研究中这些明显不具有参考价值，所以可以手动的选择Manual selection，其中提供了大量植物的background，总共我们可以选择40个。
GENE data set
Maual selection for plant
选择双向匹配，然后开始。
start computing
结果
根据输入数据大小，网速等需要等待一段时间，好了以后会收到一封邮件，然后会给两个链接，首先要确认开始
Job Request
An email has been sent to xxx@ for confirmation.
Please click on the link in the email to submit your KAAS job.
Automatic Annotation Server Ver. 2.1
KAAS - Job request accepted
KEGG Automatic Annotation Server Ver. 2.1
Your request ID is 1537237762.
If no action is taken within 7 days, your request will be deleted.
Best regards
GenomeNet Team
Request IDNum. is submitted.
KAAS - Accepted
KEGG Automatic Annotation Server Ver. 2.1
Your request ID is Num。
Best regards
GenomeNet Team
query list page
当服务器运算结果出来以后会邮件通知，结果又两种形式，一种是网页版，他会列出所有注释到的信息，然后每个信息对应的通路图，还会提供geneID2KUM，每个基因对应的kegg的K号(直系同源)
result
参考来源及推荐阅读
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