很多优秀的生物信息学软件，如QIIME、QIIME 2、LEfSe等没有Windows版，而使用VirutalBox虚拟机不仅效率低，而且挂载外部硬盘和使用中也经常遇到各种问题，配置和使用详见 - 扩增子分析流程1. QIIME虚拟机安装配置及挂载外部目录。
好在Windows 10自9月起支持内置Linux系统，经过几年发展后使用也比较稳定，目前有最新Linux发行版Ubuntu 20.04 LTS可用，可直接通过微软商店(Microsoft Store)安装。
安装后可通过程序中的Ubuntu 20.04 LTS直接打开终端使用，也可以Rstudio中的Terimal来调用，使用非常方便。
图1. Ubuntu的终端(上)和RStudio中的Terimal(下)使用Windows 10中的Linux子系统
安装前配置
Win 10中的Linux子系统类似于Docker，需要较高的权限，因此在使用前可以需要调整一些系统设置才能顺利安装和使用。
更新系统，确保Win10系统版本>1606，建议为最新版，提高系统兼容性和安全性：开始 —— 设置 —— 更新和安装
上图显示系统需要更新。“立即重新启动”可使已经安装更新生效。“下载和安装”可以继续安装更新。可能要反复下载更新重启几次。
显示“你使用的是最新版本”，系统为最新版。
2. 启动开发人员模式
同一个页面，左侧选择“开发者选项” —— 切换至“开发人员模式”，点击“是”确认，会自动安装开发人员模式程序包，并启动桌面远程工具等。
3. 启动适用于Linux的Windows子系统
Win10开始菜单旁“搜索”按钮，查找“控制面板”并打开，选择”程序” —— “程序与功能”子页面，点击“启用或关闭Windows功能”，托动滚动条至最低部，勾远“适用于Linux的Windows子系统” ，再点击“确定”。
程序会自动安装相关底层软件，然后选择立即重新启动。
4. Win11还需要安装WSL
点击链接下载 https://wslstorestorage.blob./wslblob/wsl_update_x64.msi，双击安装即可
5. Win11还需要在 PowerShell 中运行下面一句 wsl --set-default-version1
从微软商店安装
Win10开始菜单旁“搜索”按钮，查找“app”并打开“Microsoft Store”，搜索“Ubuntu”，选择“Ubuntu 20.04 LTS”。
注：20.04 LTS目前是最新版，但新版可能也会出现一些旧软件没有测试和优化不支持的问题。如果使用的工具出现安装和使用时系统环境不支持的问题，可安装Ubuntu 18.04 LTS尝试解决。
点击安装，需要下载444.6 MB的安装包。安装完后“安装”会变成“启动”，开始菜单也会增加新的APP“Ubuntu 20.04 LTS”。
注：第一次启动会进行软件安装和布置，须等待几分钟。
提示输入用户名和密码。然后进入命令行模式，开始你的分析工作吧！
安装到其它盘
从/en-us/p/ubuntu--lts/9n6svws3rx71#activetab=pivot:overviewtab 直接下载 Ubuntu 子系统（报名后也可从我们 QQ 群下载），放在其它盘，然后双击打开即可完成安装。
环境和目录介绍
Ubuntu20.04的安装目录:
%userprofile%\AppData\Local\Packages\CanonicalGroupLimited.Ubuntu20.04onWindows_79rhkp1fndgsc\LocalState
其中Linux系统中的根目录/为其中的rootfs目录，
你的家目录(~)则为其中的/home/yourname目录。
注：%userprofile%代表用户家目录，如C:\Users\Yourname\
程序会自动挂载系统硬盘，如c/d盘，分别对应的目录为/mnt/c，/mnt/d，我们开展分析使用windows下的文件也可以轻松找到。
使用
方法1.
在开始菜单中选择“Ubuntu 20.04 LTS”可以打开终端使用Linux，该终端支持右键粘贴功能，方便复制代码，在终端中快速粘贴并运行。
方法2. RStudio中使用。
RStudio可以打开Shell流程，逐行运行，方便随时修改，而且不必复制和粘贴代码。
在RStudio的Tools菜单中，选择Options，切换为Terminal选项卡，修改“New terimnals open with”为“Bash (Windows Subsystem for Linux)”
再打开Rstudio中新的Termianl即为Linux系统的命令行。
在Linux下软件安装主要使用conda安装
# 下载wget -c /miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh# 安装bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -b -f# 加载环境~/miniconda3/condabin/conda init
关闭终端，再重新打开，conda环境即可生效。
conda的安装和使用可进一步阅读下文：
一文掌握Conda软件安装：虚拟环境、软件通道、加速solving、跨服务器迁移
软件安装不上，可能是网速慢！Conda/R/pip/brew等国内镜像大全
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