二级建造师注册证书注销程序步骤如下：
步骤一：填报并提交网上变更信息。
登录个人用户→点注销注册，上报企业
登录企业用户→点注销注册，选择人员点上报市级，打印申请表
步骤二：提交以下书面申请资料。
1、《二级建造师注销注册申请表》
2、二级建造师注册证书及执业印章原件、复印件
3、符合《注册建造师管理规定》第十七条所列情形之一的证明原件、复印件。
聘用企业将《申请汇总表》、申请人的申请表一式二份和附件材料一式一份报市级建设行政主管部门。
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