本节所采用命令为trac-all,全部内容在这里：https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/trac-all下面是一步步操作：https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/FsTutorial/Tracula前期准备：https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/FsTutorial/Tracula处理文件：设置工作目录：export SUBJECTS_DIR=$TUTORIAL_DATA/diffusion_reconscd $TUTORIAL_DATA/diffusion_tutorial
## bashexport FREESURFER_HOME=/path/to/freesurfersource $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.shexport TUTORIAL_DATA=<path_to_your_tutorial_data>export SUBJECTS_DIR=$TUTORIAL_DATA/diffusion_tutorialcd $SUBJECTS_DIR## tcshsetenv FREESURFER_HOME /path/to/freesurfersource $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.cshsetenv TUTORIAL_DATA <path_to_your_tutorial_data>setenv SUBJECTS_DIR $TUTORIAL_DATA/diffusion_tutorialcd $SUBJECTS_DIR
TRACULA
Pre-processing
FSL'sbedpostX
Reconstructing white-matter pathways
Pre-processing
Eddy-current compensationComputing measures of head motion during the DWI scanIntra-subject registration (individual DWI to individual T1)Inter-subject registration (individual T1 to a common template space)Creation of cortical and white-matter masks from FreeSurfer reconstructions
Tensor fitting for extraction of tensor-based measures (FA, MD, etc)Computing anatomical priors for white-matter pathways from the TRACULA atlas
trac-all -prep -c $TUTORIAL_DATA/diffusion_tutorial/dmrirc.tutorial
-prep就是预处理的命令
-c指定了预处理步骤的配置文件
Ball-and-stick model fit
TRACULA使用球棒扩散模型从DWI数据重建路径。 FSL的bedpostX将球棒模型与DWI数据拟合，从而估计该模型参数在每个体素上的概率分布。 bedpostx只能在具有较高计算能力的计算机上运行，有关bedpostx的更多信息，请单击此处https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/FDT/UserGuide#BEDPOSTX。 该命令将对配置文件中指定的所有主题的预处理数据运行bedpostX：
trac-all -bedp -c $TUTORIAL_DATA/diffusion_tutorial/dmrirc.tutorial
Reconstructing white-matter pathways
最后一步是为您在配置文件中指定的每个白色物质束生成概率分布。 这是通过同时使每个路径的形状与从上方扩散的球棒模型的结果以及由TRACULA地图集中的一组手动标记的训练对象所给出的路径解剖结构的先验知识同时进行来完成的。 以下命令将重建路径的概率分布：
trac-all -path -c $TUTORIAL_DATA/diffusion_tutorial/dmrirc.tutorial
TRACULA Outputs
查看输出：
https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/FsTutorial/TraculaOutputs
Tract statistics
统计输出文件：
https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/FsTutorial/TraculaStatistics
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